Diagenode.comChIP-seq 级抗体、组蛋白抗体、样本量抗体、所有抗体、ChIP 级抗体、CUT&Tag AntibodiesH3K4me3 抗体(样本量)H3K4me3 抗体(样本量)\"剪切并标记抗体图标\"\"cut×CUT&Tag grade AbsChIP-seq grade AbsChIP grade AbsNegative IgG controlAntibody portalAntibodiesPublications DocumentsRelated× 添加到购物车目录编号格式价格 C15410003-10(pAb-003-010)10 µg$110.00获取报价

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在兔体内针对含有三甲基化赖氨酸 4 (H3K4me3) 的组蛋白 H3 区域产生的多克隆抗体,使用 KLH-共轭合成肽。

LotA8034D浓度1.3 µg/µl物种反应性人类、小鼠、猪、斑马鱼、鳟鱼、水溞、拟南芥、水稻、番茄、玉米、杨树、宽叶硅藻,预期范围广泛。TypePolyclonal,ChIP grade, ChIP-seq gradePurityAffinity purified polyclonal antibody.HostRabbitStorage ConditionsStore at -20°C;如需长期储存,请储存在 -80°C。避免多次冻融循环。储存缓冲液 PBS 含有 0.05% 叠氮化物和 0.05% ProClin 300。注意事项 本产品仅供研究使用。不适用于诊断或治疗程序。应用建议稀释ReferencesChIP/ChIP-seq*0.5 - 1µgFig 1, 2CUT&Tag0.5 µgFig 3ELISA1:2,000Fig 4Dot Blotting1:1000Fig 5Western Blotting1:1,000Fig 6Immunofluorescence1:200Fig 7

* 请注意,每个 IP 的最佳抗体量应为由最终用户决定。我们建议每个 IP 测试 0.5-5 µg。

验证数据

图1. 使用针对 H3K4me3ChIP 的成岩节点抗体获得的 ChIP 结果使用人 K562 细胞、针对 H3K4me3 的成岩节点抗体(目录号 C15410003)和用于 qPCR 的优化 PCR 引物对进行检测。 ChIP 使用 iDeal ChIP-seq 试剂盒(目录号 C01010051)进行,使用来自 500,000 个细胞的剪切染色质。分析了每个 ChIP 实验由 0.5、1、2 和 5 µg 抗体组成的滴定。 IgG (1 µg/IP) 用作 IP 阴性对照。使用对该行为的启动子具有特异性的引物进行定量 PCRive 基因 GAPDH 和 EIF4A2,用作阳性对照,对于失活的 MYOD1 基因和 Sat2 卫星重复序列,用作阴性对照。图 1 显示了回收率,表示为输入的百分比(免疫沉淀 DNA 与 qPCR 分析后输入 DNA 的相对量)。

A.B.C.D.

图 2. 使用针对 H3K4me3ChIP 的 Diagenode 抗体获得的 ChIP-seq 结果使用 1 µg 针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体(cat.编号 C15410003) 如上所述。 IP\'d DNA 随后被肛门在 Illumina 基因组分析仪上分析。根据制造商的说明进行文库制备、簇生成和测序。使用 ELAND 算法将 36 bp 标签与人类基因组对齐。图 2 显示了沿着完整序列和 X 染色体的 600 kb 区域(图 2A 和 B)以及分别在 GAPDH 和 EIF4A2 阳性对照基因周围的两个区域(图 2C 和 D)的峰分布。这些结果清楚地显示了活性基因启动子上 H3K4 三甲基化的富集。

A.B.

图 3 . 使用针对 H3K4me3CUT&TAG 的 Diagenode 抗体获得的 Cut&Tag 结果(Kaya-Okur, H.S., Nat Commun 10, 1930, 2019)是使用 0.5 µg 的针对 H3K 的 Diagenode 抗体对 50,000 个 K562 细胞进行的4me3(目录号 C15410003)和 Diagenode pA-Tn5 转座酶 (C01070001)。随后根据制造商的说明在 Illumina NextSeq 500 测序仪(2x75 双端读取)上分析这些库。使用 BWA 算法将标签与人类基因组 (hg19) 对齐。图 3 显示了 14 号染色体上的 FOS 基因和 7 号染色体上的 ACTB 基因周围的 2 个基因组区域的峰值分布(分别为图 3A 和 B)。

图 4. 抗体滴度的测定为了确定抗体的滴度,使用连续稀释的针对 H3K4me3 的成岩节点抗体(目录号 C15410003)。使用的抗原是含有感兴趣的组蛋白修饰的肽。通过绘制吸光度与抗体稀释度的关系图(图 4),抗体的效价估计为 1:11,000。

图 5. 使用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体的交叉反应性测试为了测试 Diagenode 抗体针对 H3K4me3 的交叉反应性(货号: C15410003),对含有其他组蛋白修饰和未修饰的 H3K4 的肽进行斑点印迹分析。100 至 0.2 pmol 的相应肽点在膜上。抗体以 1:2,000 的稀释度使用。图 5A 显示抗体对目标修饰的高度特异性。

图6. 使用针对 H3K4me3 的成岩节点抗体进行蛋白质印迹分析 对来自 HeLa 细胞的全细胞提取物(40 µg,泳道 1)和使用针对 H3K4me3 的成岩节点抗体(cat . No. C15410003). 抗体在含有 5 的 TBS-Tween 中按 1:1,000 稀释% 脱脂奶。右侧标明了目的蛋白的位置;标记(以 kDa 为单位)显示在左侧。

图7. 使用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体的免疫荧光 HeLa 细胞用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体(目录号 C15410003)和 DAPI 染色。细胞用 4% 甲醛固定 20\',并用含有 5% 正常山羊血清的 PBS/TX-100 封闭。细胞用 H3K4me3 抗体(左)在封闭溶液中以 1:200 稀释,然后用与 Alexa568 或 DAPI 偶联的抗兔抗体(中)进行免疫荧光标记,后者特异性标记 DNA。右图显示了两种染色的合并。

客户评价

我在 HK-2 细胞中使用 Diagenode 的抗体进行 ChIP–qPCR 实验。这些抗体在我们的实验中表现非常好,具有特定的信号,并且具有良好的信噪比gapdh 基因的启动子。

图 1. 使用针对使用人类 HK-2 细胞、针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体(目录号 C15410003)和用于 qPCR 的优化 PCR 引物对进行 H3K4me3 ChIP 测定。 ChIP 采用标准固定和超声处理方案,使用来自 400 万个细胞的剪切染色质。每个 ChIP 实验使用总量为 4 ug 的抗体,正常小鼠 IgG (4 μg/IP) 用作 IP 阴性对照。使用对活性基因 GAPDH 和的启动子特异的引物进行定量 PCR。图 1 显示了回收率,表示为输入的百分比(免疫沉淀 DNA 与 qPCR 分析后输入 DNA 的相对量)。这些结果与观察到的组蛋白 H3 上 K4 的三甲基化与活性基因的启动子有关。

Claudio Cappelli 博士。博士后OC。智利澳大利亚大学生物化学与微生物研究所分子病理学实验室研究员,关于H3K4me3多克隆抗体Premium,50μl大小。

在生命科学中,表观遗传学是当今发展最快的领域,每天都有新的惊人发现.为了跟上这个领域的步伐,我们需要可靠的工具来促进我们的研究——Diagenode 为我们提供的工具。从抗体到自动化解决方案——一站式提供强大支持。我们实验室使用的抗体:H3K27me3 多克隆抗体 – Premium、H3K4me3 多克隆抗体 – Premium、H3K9me3 多克隆抗体 – Premium、H3K4me1 多克隆抗体 – Premium、CTCF 多克隆抗体 – Classic、Rabbit IgG。

Dr. Florian Uhle,德国海德堡大学医院麻醉学系

我们在实验室中使用 Bioruptor 超声处理设备和针对组蛋白修饰 H3K4me3 的抗体。 Bioruptor 设备就是我们用于 ChIP-Seq 实验中染色质的剪切和蛋白质裂解物(全细胞提取物)的生成。得益于 Bioruptor 设备,我们在这两种应用中都取得了出色且可重复的结果。 H3K4me3 抗体用于我们的 ChIP-Seq 实验和蛋白质印迹。使用这种抗体,我们能够生成具有极低背景的高度富集的 ChIP-Seq 样本。在 Western Blot 中,我们可以使用 H3K4me3 抗体检测一条特定的强条带。

Diagenode 不仅为研究提供非常好的产品,而且还提供出色的客户支持。

Lora Dimitrova 博士,Charité-Universitätsmedizin德国柏林

去年我使用 Diagenode 的 Plant ChIP-seq 套件并在 Bioruptor Pico 上剪切 DNA,我不得不说这两个产品挽救了我的博士项目!前段时间,我们完善的 ChIP 协议突然停止工作,经过长时间找出原因,我们投资了 Bioruptor Pico。我是对它的工作方式非常满意,而且超级安静!将超声仪与 Plant ChIP-seq 套件相结合,我们终于可以正常工作了。我还决定试用 Microplex Library Prep 套件,这太棒了。我一直在使用其他套件,我发现这个套件高效且非常易于使用。最近,我测试了一种表观遗传学抗体 (H3K4me3),它与 ​​ChIP-seq 试剂盒和 Bioruptor 一起在植物组织上效果很好。

感谢 Diagenode 挽救了我的博士学位!

Kamila Kwasniewska,都柏林三一学院 Smurfit 研究所植物发育遗传学

我正在使用 True MicroChIP & Microplex Library Preparation Kits 和几个组蛋白修饰抗体,如 H3K27ac、H3K4me3、H3K36me3 和 H3K27me3。我的 ChIP-seq 实验总是得到非常好的和可重复的结果。

Andrea Thiesen,ZMB,发育生物学,Andrea Vortkamp 教授实验室,大学Duisburg-Essen, Germany应用ELISA酶联免疫吸附测定。阅读更多 DBDot blotting 阅读更多WBWestern blotting:该技术中使用的抗体质量对于正确和特定的蛋白质鉴定至关重要。 Diagenode 提供大量经免疫印迹验证的高灵敏度和特异性抗体。了解更多信息:加载... 阅读更多IFImmunofluorescence:Diagenode 提供大量经 IF.Immunofluorescence 验证的高灵敏度抗体,使用针对 CRISPR/Cas9HeLa 细胞的 Diagenode 单克隆抗体用 Cas9 表达载体(...高特异性将仅针对感兴趣的蛋白质,从而实现真正的结果。查看我们选择的抗体有效...阅读更多文件数据表 H3K4me3 C15410003 数据表数据表说明下载您可以信赖的抗体 海报表观遗传学研究工具随着时间的推移从端点 PCR 到 qPCR 再到 lar 的分析发展... GB en 下载H3K4me3 抗体SDS US en 下载H3K4me3 抗体SDS DE de 下载H3K4me3 抗体SDS JP ja 下载H3K4me3 抗体SDS BE nl 下载H3K4me3 抗体SDS BE fr 下载H3K4me3 抗体SDS FR fr 下载H3K4me3 抗体SDS ES es DownloadPublications如何在您的工作中正确引用此产品

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染色质分析识别转录阅读gh 作为蚊子中 piRNA 生物发生的保守机制。曲杰。等人。蚊子中的 piRNA 通路与其他模式生物有很大不同,具有扩展的 PIWI 基因家族并在抗病毒防御中发挥作用。在这里,我们将核心 piRNA 簇定义为在体细胞和种系组织中显示无处不在的 piRNA 表达的基因组位点。这些核心 piRNA 簇丰富...

表观遗传剂量确定了两种主要且功能不同的 β 细胞亚型。 DrorE.et al. 指定和稳定细胞亚型的机制仍然知之甚少。在这里,我们根据组蛋白标记异质性(β HI 和β LO)确定了两种主要的胰腺β 细胞亚型。 Beta HI 细胞表现出高 4 倍的 H3K27me3 水平、不同的染色质组织和压实,以及...

VosJ 猪 IPECJ2 和鸡 SL-29 细胞系的详细分子和表观遗传特征。 et al.The pig IPECJ2 and chicken SL-29 cell lines are of interest bec由于其未转化的性质和在功能研究中的广泛使用。这些细胞系的分子特征对于深入了解可能的分子畸变非常重要。本文的目的是提供分子和表观遗传特征...

组蛋白重塑反映了牛和人类植入前发育的保守机制。周C。等人。在任何物种的植入前发育过程中,组蛋白修饰如何调节基因表达的变化仍然知之甚少。使用 CUT&Tag 克服生物材料的限制,我们分析了牛中的两个激活标记(H3K4me3 和 H3K27ac)和两个抑制标记(H3K9me3 和 H3K27me3)...

Lamina 相关域的基因调控相互作用Madsen-ØsterbyeJ。 et al. The nuclear lamina 在核外围提供抑制染色质环境。然而,虽然叶片相关结构域 (LAD) 中的大多数基因都处于非活动状态,但超过 10% 的基因位于局部常染色质中xts 并表示。这些基因是如何被调控的,以及它们是否能够与调节因子相互作用。

组蛋白脱乙酰酶 1 和 2 靶向肾单位祖细胞的基因调控网络以控制肾发生。 LiuHongbing 等人。我们的研究证明了组蛋白去乙酰化酶 (HDAC) 在肾发生调节中的关键作用。为了更好地了解 HDAC1/2 在早期肾发生中调控的关键通路,我们对分离的肾单位祖细胞 (NPC) 进行了 Hdac1/2 的染色质免疫沉淀测序 (ChIP-Seq),以...

Balance between...在干细胞分化过程中,自噬和细胞死亡由 Polycomb 介导的调节维持。 PuriDeepika 等人自噬是一种保守的细胞保护过程,其中的异常会导致许多退行性疾病。虽然自噬的细胞质成分已被广泛研究,但自噬基因的表观遗传调控,尤其是在干细胞中,却鲜为人知。破译 ep遗传调控...

训练有素的免疫力可长期保护斑点鲶鱼免受细菌感染。 Petrie-HansonL.等人。β 葡聚糖暴露在斑点鲶鱼中诱导训练有素的免疫力,在暴露一个月后提供长期保护和感染。流式细胞术分析表明,分离的巨噬细胞和嗜中性粒细胞吞噬了更高数量的和。 β 葡聚糖诱导的分布变化...

来自克隆胚胎的 bESC 不保留来自体细胞供体细胞的转录组学或表观遗传记忆。纳瓦罗姆。 et al.Embryonic stem cells (ESC) 无限期地维持囊胚外胚层的多能状态。干细胞对于研究发育和谱系定型具有无可估量的价值,在家畜中它们构成了基因组改进和体外育种计划的有用工具。尽管这些细胞最近...

启动子 DNA 甲基化的大规模操作揭示了上下文特异性反式criptional 响应和稳定性。德门多萨 A.等。背景:胞嘧啶 DNA 甲基化被广泛描述为具有沉默启动子能力的转录抑制标记。表观基因组工程技术可以直接测试诱导 DNA 甲基化对内源启动子的影响;然而,下游效应尚未得到全面了解...

HOTAIR 与 PRC2 复合物相互作用,调节区域前脂肪细胞转录组和人体脂肪分布。 KuoFeng-Chih et al.Mechanisms governing regional human adipose tissue (AT) development 仍未定义。在这里,我们表明长链非编码 RNA HOTAIR(HOX 转录本反义 RNA)仅在臀股 AT 中表达,它对脂肪细胞的发育至关重要。我们发现 HOTAIR 与 polycomb 抑制相互作用...

外胚层诱导剂在体外捕获小鼠滋养外胚层干细胞,并在子宫内植入胚细胞。 SeongJinwoo et al. The embryo instructs the a分配细胞状态以空间调节功能。在囊胚中,滋养层 (TR) 细胞的图案化可确保成功着床和胎盘发育。在这里,我们定义了一组由外胚层(诱导剂)分泌的最佳分子,这些分子捕获体外稳定的、h...

表观基因组分析揭示了与先天免疫激活和耐受相关的动态和特定背景的巨噬细胞增强景观.张鹏背景:染色质状态和增强子与基因表达、细胞身份和疾病相关。在这里,我们根据人类巨噬细胞增强子活性和与内毒素耐受性的对比,系统地描述了对内毒素的急性先天免疫反应,分析了编码和非编码转录组,chr...

介导细胞状态的表观遗传机制软骨细胞的转变 Wuelling M. et al.Epigenetic modifications play critical roles in regulating cell lineage differentiation, but the epigenetic mechanisms guiding spec很少研究细胞谱系内的特定分化步骤。为了破译这些机制,我们使用了从增殖 (PC) 到肥大细胞的定义转变...

中性粒细胞增强子上 PU.1 结合和染色质环化的变化影响自身免疫性疾病易感性 WattS。等。中性粒细胞在先天性炎症反应、适应性免疫形成中发挥着重要作用 1,并已被确定为潜在的致病细胞类型,支持与免疫系统特征和疾病的遗传关联 2、3 这些变异中的大多数是非编码的,其潜在机制并不完整...

CpG 岛结合蛋白 SAMD1 导致 HepG2 肝癌细胞中的不利基因特征。西蒙C。等人未甲基化的 CpG 岛结合蛋白 SAMD1 在许多人类癌症类型中被上调,但其与癌症相关的作用尚未得到研究。在这里,我们使用肝细胞癌细胞系 HepG2a作为一种癌症模型,并使用 ChIP-Seq 和 RNA-... 研究了 SAMD1 的细胞和转录作用

椎板相关结构域中的局部常染色质富集预示着它们在脂肪形成谱系中的重新定位。 Madsen-ØsterbyeJ。背景:染色质通过层相关结构域 (LAD) 与核层的相互作用赋予基因组结构稳定性。然而,LAD 在分化过程中定位的动力学,以及 LAD 如何影响发育基因表达,仍然难以捉摸。结果:我们检测了 t...

ZWC 复合物介导的 SPT5 磷酸化在活性基因启动子处抑制发散反义 RNA 转录的变化。公园K。等人。人类基因组编码大量非编码 RNA,包括转录起始位点 (TSS) 的不同反义转录本。然而,尚未详细说明调节不同反义转录的分子机制。在这里,我们报告了一种新颖的 ZWC 复杂组合ZC3H4、WDR82 和...的 sed

根木质部相邻细胞层中的细胞类型特异性转录网络 Asensi FabadoMaria Amparo 等人。水、离子和信号通过木质部导管从根部到叶子的运输对于植物生命,需要严格监管。在进入枝条之前,蒸腾流的最终组成由与木质部相邻的细胞层控制,即木质部薄壁组织和中柱鞘,在...

多发性骨髓瘤 Elina 表观遗传景观的综合表征Alaterre 等人 背景:人类多发性骨髓瘤 (MM) 细胞系 (HMCL) 已被广泛用于了解驱动 MM 生物学的分子过程。表观遗传修饰参与 MM 的发展、进展和耐药性。对 MM 的表观遗传景观进行全面表征将有助于我们...

对多发性骨髓瘤 Alaterre、Elina 和 Ovejer 的表观遗传景观进行全面表征o、Sara 和 Herviou、Laurie 和 deBoussac、Hugues 和 Papadopoulos、Giorgio 和 Kulis、Marta 和 Boireau、Stéphanie 和 Robert、Nicolas 和 Requirand、Guilhemand Bruyer、Angélique 和 Cartron、Guillaume 和 Vincent、Laure 和 M背景:人类多发性骨髓瘤 (MM)细胞系 (HMCL) 已被广泛用于了解驱动 MM 生物学的分子过程。表观遗传修饰参与 MM 的发展、进展和耐药性。对 MM 表观遗传景观的全面表征将推进我们的...

KMT2C 的缺失会重新编程 hPSC 中的表观基因组景观,从而导致 NODAL 过表达和造血内皮特化失败。 Maurya Shailendra 等人。KMT2 赖氨酸甲基转移酶家族的种系或体细胞变异与多种先天性疾病和癌症有关。值得注意的是,-融合在 70% 的婴儿白血病中普遍存在,但未能对哺乳动物模型中的短潜伏期白血病发生进行表型复制, 表明其他因素...

长链非编码 RNA H19 调节神经内分泌前列腺癌中的肿瘤可塑性癌症 (PCa) 从头开始​​或从雄激素剥夺疗法 (ADT) 后的转分化前列腺腺癌中产生。广泛的计算分析已经确定了两者之间的高度关联...

Epromoters 充当枢纽,招募炎症反应所需的关键转录因子 Santiago-Algarra D. 等人。基因表达受基因近端(启动子)和远端(增强子)调控元件的参与控制。我们之前的结果表明,基因启动子的一个子集,称为 Epromoters,作为真正的增强子起作用并调节远端基因表达。在这里,我们假设 Epromoters 发挥...

比较用 PCM1a 纯化的肌核中的表观遗传景观来自快速/糖酵解和慢速/氧化肌肉的抗体。 Bengtsen Mads et al.Muscle cells have different phenotypes adapted to different uses, and can be crossly into fast/glycolytic types and slow/oxidative types. 肌肉细胞具有适应不同用途的不同表型,可大致分为快速/糖酵解和慢速/氧化类型。虽然大多数肌肉含有此类纤维类型的混合物,但我们的目标是通过 ChIP-Seq 在两种肌肉极端情况下提供全基因组表观遗传景观分析,快速/...

恒河猴自我-从血吸虫感染中治愈可以显示完全的免疫力来挑战 Amaral MS 等人。恒河猴提供了针对血吸虫获得性免疫的独特模型,全世界有超过 2 亿人受到血吸虫的影响。通过监测寄生虫-肠道衍生抗原的血流水平,我们表明,从第 10 周开始,已确定的曼氏血吸虫感染在呈指数增长的人中被清除...

p300 抑制骨髓增生异常综合征向急性髓系的转变白血病 Man Na et al. 骨髓增生异常综合征 (MDS) 是造血 stem 和祖细胞 (HSPC) 恶性肿瘤的特征是无效造血和白血病转化风险增加。表观遗传调节因子在 MDS 中反复发生突变,直接暗示 MDS 发病机制中的表观遗传失调。在这里,我们...

增强子或启动子组蛋白修饰基因表达预测的差异贡献。 González-Ramírez M. 等人。启动子组蛋白修饰的 ChIP-seq 信号可以很好地预测不同细胞环境中的基因表达,但尚不清楚增强子是否也是如此。为了解决这个问题,我们开发了定量模型来表征基因表达与组蛋白修饰的关系......

DOT1L O-GlcNAcylation 促进其蛋白质稳定性和 MLL 融合白血病细胞增殖。 Song Tanjing et al.组蛋白赖氨酸甲基化在细胞外环境和细胞内基因表达的界面发挥作用。 DOT1L 是一种多功能组蛋白H3K79 甲基转移酶在 MLL 融合白血病中起着重要作用,但对 DOT1L 如何响应细胞外刺激知之甚少。在这里,我们报告 DOT1...

INTS11 通过促进 PRC2 功能调节造血功能。 Zhang Peng et al.INTS11 是 Integrator (INT) 复合物的催化亚基,对于小核 RNA 和增强子 RNA 的生物合成至关重要。然而,INTS11 在造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 生物学中的作用尚不清楚。在这里,我们报告说 INTS11 是正常造血和造血特异所必需的...

用 dCas9-DNMT3A3L 增强 CMV 和内源性启动子的靶向 DNA 甲基化导致 CHO 细胞中明显的后续组蛋白修饰变化。马克思尼古拉斯等。随着能够对 DNA 甲基化和组蛋白修饰进行位点特异性调节的新 CRISPR/dCas9 工具的出现,更详细地研究了表观遗传调控对 cul 中细胞精确表型的贡献包括重组生产亚克隆在内的技术现在已成为可能。这些 al...

用于评估环境影响和表观遗传的精子细胞和胚胎的 ChIP-seq 协议 Lismer、Ariane 和 Lambrot、Romain 和 Lafleur、Christine 和 Dumeaux、Vanessa 和 Kimmins、SarahIn the field of epigenetic遗传,描述涉及父系环境条件转移给后代的分子机制一直难以捉摸。该协议详细说明了如何代际跟踪精子染色质。我们描述了小鼠模型设计以探测单个小鼠 sp 中的染色质状态...

E2F6 在胚胎发育过程中启动种系基因的稳定表观遗传沉默 Dahlet T. 等人在小鼠发育中,CpG 岛的长期沉默DNA 甲基化专门针对种系基因;然而,这种特异性的分子机制仍不清楚。在这里,我们证明了转录因子 E2F6,它是 polycomb 抑制组合的成员lex 1.6 (PRC1.6), is critical to t...

Lasp1 在破坏性关节炎中调节粘附连接动力学和成纤维细胞转化从转移性乳腺癌克隆而来,其特征是与肿瘤发生和癌细胞侵袭相关的衔接分子。然而,Lasp1 的调控及其在细胞侵袭性转化中的作用尚不清楚。在这里,我们使用整合...

25(OH) 维生素 D 的胎盘摄取和代谢决定了它在胎盘单位内的活性 Ashley, B. 等人。妊娠期 25-羟基维生素 D (25(OH)D)浓度与母婴健康结果相关,但其潜在机制尚未阐明。使用生理人胎盘灌注方法和完整的绒毛外植体,我们证明了胎盘在调节关系中的作用...

肌节功能激活 p53 依赖性 DNA 损伤反应 that 促进多倍体化并限制体内细胞植入。 Pettinato, Anthony M. 等人。人类心脏再生受到心肌细胞复制率低和机制不明的渐进多倍体化的限制。为了研究这一过程,我们设计了一个人类心肌细胞模型,使用荧光标记的细胞周期蛋白 B1 和心肌肌钙蛋白 T 来跟踪复制和多倍化。使用延时 i...

含有 SAM 结构域的蛋白 1 (SAMD1 ) 作为未甲基化 CpG 岛的抑制染色质调节剂 Stielow B. 等人。 CpG 岛 (CGI) 是大多数启动子的关键调控 DNA 元件,但它们如何影响染色质状态和转录仍然难以捉摸。在这里,我们将 SAMD1(含 SAM 结构域的蛋白质 1)识别并表征为一种未甲基化的 CGI 结合蛋白。 SAMD1 具有一个非典型的有翼螺旋结构域,可指导...

牛胚胎干细胞培养条件的简化和无饲养层扩增 Soto D. A. 等。牛em胚胎干细胞 (bESCs) 在体外延长瞬时多能牛内细胞团的寿命。经过多年的研究,稳定的 bESC 的推导直到最近才被报道。尽管成功,但 bESC 培养依赖于复杂的培养条件,需要定制的基础培养基和小鼠...

抗炎细胞因子白细胞介素 37 是训练免疫的抑制剂。 Cavalli、Giulio 和 Tengesdal、Isak W 和 Gresnigt、Mark 和 Nemkov、Travisand Arts、Rob J W 和 Domínguez-Andrés、Jorge 和 Molteni、Raffaella 和 Stefanoni、Davide 和 Cantoni、Eleonora 和 Cassina、Laura 和 Giugliano、Silvia 和 Schraa、Kiki 和MillTrained 免疫 (TI) 是一种事实上的先天免疫记忆程序,通过暴露于病原体或疫苗而在单核细胞/巨噬细胞中诱导,进化为抵御感染的保护。 TI 的特点是免疫代谢变化和组蛋白翻译后修饰,从而增强促炎...

比较分析牛胚泡和体细胞组织之间的组蛋白 H3K4me3 修饰。 Ishibashi, Mao et al. 周围环境在早期发育阶段引起的表观遗传变化不仅会产生短期影响,还会对整个生命产生长期影响。这一概念构成了\"健康和疾病的发育起源”(DOHaD) 假说,并包含控制生命的可能性......

中性粒细胞增强剂 PU.1 结合和染色质环的遗传扰动与自身免疫性疾病相关。 Watt, Stephen 等人。中性粒细胞在先天免疫反应、塑造适应性免疫中发挥着重要作用,并且是一种潜在的致病细胞类型,支持与免疫系统特征和疾病的遗传关联。在这里,我们分析了骨髓主调节因子 PU.1 在近百名志愿者的初级中性粒细胞中的结合...

SETD1B 的缺失导致基因组 H3K4me3 在卵母细胞中的重新分布 Hanna, C. W. 等人。组蛋白3 赖氨酸 4 三甲基化 (H3K4me3) 是一种在基因启动子和 CpG 岛发现的表观遗传标记。 H3K4me3 对哺乳动物发育至关重要,但对其基因组靶向的潜在机制知之甚少。 H3K4me3 甲基转移酶 SETD1B 和 MLL2 对卵子发生至关重要。我们调查了 cha...

表观基因组张量预测疾病亚型并揭示受限的肿瘤进化。 Leistico, Jacob R 等人。从复杂的患者数据中了解表观基因组进化和疾病亚型的特异性仍然是一个主要的生物医学问题。我们在此介绍 DeCET(表观基因组张量的分解和分类),这是一种用于同时分析分层异构数据的综合计算方法,...

三种家畜基因组的功能注释为比较研究和农业研究提供了重要资源。 Kern C. et al.Gene regulatory elements are central drivers of phenotypic variation 因此对了解复杂性状的遗传学。动物基因组功能注释联盟的成立是为了协同注释动物基因组中的功能元素,首先是驯化......

组蛋白修饰 H3K4me3 在阿尔茨海默病大脑中的位点发生了改变。 Smith, Adam 等人。多项表观基因组范围内的 DNA 甲基化关联研究强调了阿尔茨海默病 (AD) 脑样本中该基因的 DNA 甲基化改变。然而,没有研究专门检查疾病中的组蛋白修饰。我们使用染色质免疫沉淀-qPCR 来量化组织中的三甲基化...

G2 期富集的 lncRNA SNHG26 是正常细胞周期进程和增殖所必需的 Samdal, H. et al.Long noncoding RNAs (lncRNAs ) 参与细胞周期的调节,尽管只有少数具有功能特征。通过结合细胞周期同步的 HaCaT 细胞的 RNA 测序和 ChIP 测序,我们得到了 p先前鉴定出高度富集细胞周期功能的 lncRNA。基于循环...

来自快肌和慢肌的纯化肌核中的表观遗传景观 Bengtsen, M. et al.Muscle cells have different phenotypes adapted to different usage and can grossly divided to fast/glycolytic和慢/氧化类型。虽然大多数肌肉含有此类纤维类型的混合物,但我们的目标是通过 ChIP-Seq 在两个肌肉极端情况下提供对染色质环境的全基因组分析,几乎相同的...

WAPL 维持粘连蛋白加载循环以保持细胞类型特异性的远端基因调控。 Liu N. Q. et al.The cohesin complex has an essential role in maintaining genome organization.然而,它在基因调控中的作用在很大程度上仍未得到解决。在这里,我们报告粘连蛋白释放因子 WAPL 在称为粘连蛋白周转的过程中创建了一个游离粘连蛋白池,该过程将其重新加载到细胞类型特异性结合位点...

解剖单纯疱疹病毒 1 -诱导宿主S在 RNA 水平关闭。 Friedel、Caroline C 和 Whisnant、Adam W 和 Djakovic、Lara 和 Rutkowski、Andrzej J 和 Friedl、Marie-Sophie 和 Kluge、Michael 和 Williamson、JamesC 和 Sai、Somesh 和 Vidal、Ramon Oliveira 和 Sauer、Sascha 和 Hennig、Thomas 和Grothey, Arnhild 单纯疱疹病毒 1 (HSV-1) 在裂解性感染期间引起严重的宿主关闭。病毒粒子宿主关闭 () 蛋白通过有效切割宿主和病毒 mRNA,在此过程中发挥关键作用。此外,病毒 DNA 复制的开始伴随着宿主转录活性的快速下降...

H3K4me3 甲基化增加和 miR-7113-5p 表达减少导致免疫细胞中 Wnt/β-catenin 信号传导增强来自导致炎症表型的 PTSD 患者。 Bam、Marpe 和 Yang、Xiaoming 和 Busbee、Brandon P 和 Aiello、Allison Eand Uddin、Monica 和 Ginsberg、Jay P 和 Galea、Sandro 和 Nagarkatti、Prakash S 和 Nagarkatti、Mitzi 背景:创伤后应激障碍(PTSD)是一种伴有慢性外周炎症的精神障碍。是什么引发了 PTSD 的炎症,目前尚不清楚。在本研究中,我们确定了来自个体的外周血单核细胞 (PBMC) 中信号通路的潜在缺陷。

BCG 疫苗接种诱导人类嗜中性粒细胞的长期功能重编程。 Moorlag、Simone J C F M 和 Rodriguez-Rosales、Yessica Alina 和 Gillard、Joshua 和 Fanucchi、Stephanie 和 Theunissen、Kate 和 Novakovic、Borisand de Bont、Cynthia M 和 Negishi、Yutaka 和 Fok、Ezio T 和 Kalafati、Lydia 和 Verginis、Panayotis 和M结核病疫苗卡介苗 (BCG) 可预防某些异源感染,可能是通过在单核细胞和自然杀伤 (NK) 细胞中诱导非特异性先天免疫记忆,这一过程被称为训练免疫。最近的研究表明,诱导训练有素的免疫...

ZNF354C 是一种抑制内皮素的转录抑制因子elialangiogenic 发芽。 Oo,James A 和 Irmer,Barnabas 和 Günther,Stefan 和 Warwick,Timothyand Pálfi,Katalin 和 Izquierdo Ponce,Judit 和 Teichmann,Tom 和 Pflüger-Müller,Beatrice 和 Gilsbach,Ralf 和 Brandes,Ralf P 和 Leisegang,Matthias SZinc 指蛋白(ZNF ) 是一大类具有不同功能的转录因子。我们最近发现内皮细胞具有限制 ZNF354C 作用的特定机制,ZNF354C 在内皮细胞中的功能尚不清楚。鉴于 ZNF354Chas 迄今为止仅在骨骼和肿瘤中进行了研究...

符合原始生殖细胞规格的中间多能干细胞的推导。 Yu L. 等人。动态多能干细胞 (PSC) 状态是体内多能连续体的体外适应。以前的研究已经产生了许多具有不同特性的 PSC。然而,迄今为止,还没有已知的 PSC 表现出嵌合体形成和对原始基因的直接反应的双重能力...

表观遗传调节因子 RINF (CXXC5) 在人类未成熟红细胞中维持 SMAD7 表达并维持红细胞扩张。 Astori A. 等人编码维甲酸诱导核因子 (RINF) 的基因 CXXC5 位于骨髓增生异常综合征 (MDS) 和成人急性髓性白血病 (AML) 中通常缺失的 5q31.2 区域内。 RINF 可作为表观遗传调节因子,并已被提议作为造血系统恶性肿瘤的肿瘤抑制因子。然而...

StE(z)2是一种Polycomb基团甲基转移酶,H3K27me3和H3K4me3的沉积调控马铃薯块茎化基因的表达。 Kumar、Amit 和 Kondhare、Kirtikumar R 和 Malankar、Nilam N 和 Banerjee、Anjan KPolycomb 抑制复合物 (PRC) 组蛋白通过 H3K27 三甲基化抑制靶基因来调节植物的各种发育过程,而它们的功能被 Trithorax 组蛋白拮抗-介导的 H3K4 三甲基化。马铃薯的块茎化已被广泛研究,但组蛋白的作用...

增强 ARGONAUTE2 激活的启动伴随着拟南芥对黄瓜花叶病毒的诱导抗性。 Ando、Sugihiro 和 Jaskiewicz、Michal 和 Mochizuki、Sei 和 Koseki、Saeko 和 Miyashita、Shuhei 和 Takahashi、Hideki 和 Conrath、Uwe 系统获得性抗性 (SAR) 是一种广谱抗病性反应,可以在病原体感染或化学物质感染后诱导处理,例如用苯并-(1,2,3)-噻二唑-7-硫代甲酸 S-甲酯 (BTH)。 SAR 涉及在病原体上引发更强大的防御基因激活...

深入研究乳腺癌表观遗传学:来自组蛋白乙酰转移酶 TIP60 化学抑制的见解。 Idrissou、Mouhamed 和 Lebert、Andre 和 Boisnier、Tiphanie 和 Sanchez、Anna 和 Houfaf Khoufaf、Fatma Zohra 和 Penault-Llorca、Frédérique 和 Bignon、Yves-Jean 和 Bernard-Gallon、Dominique 由于多种因素,乳腺癌通常是散发性的。其中,解除管制可能涉及表观遗传蛋白的离子。 TIP60 或 KAT5 是一种乙酰转移酶,可通过染色质结构调节基因转录。这种多效性蛋白质通过乙酰化蛋白质在多种细胞通路中发挥作用。 RNA...

NSD1 沉积的 H3K36me2 指导小鼠雄性生殖系中的从头甲基化并抵消 Polycomb 相关的沉默。 Shirane、Kenjiro 和 Miura、Fumihito 和 Ito、Takashi 和 Lorincz、MatthewCDe novo 哺乳动物生殖细胞中的 DNA 甲基化 (DNAme) 依赖于 DNMT3A 和 DNMT3L。然而,卵母细胞和精子显示出不同的 DNAme 模式。在小鼠卵母细胞中,de novo DNAme 需要赖氨酸甲基转移酶 (KMTase) SETD2,后者会沉积 H3K36me3。我们在此表明​​,SETD2 对于从头开始是可有可无的...

经过训练的免疫促进纳米生物疗法可抑制肿瘤生长并增强检查点抑制作用。 Priem、Bram 和 van Leent、Mandy M T 和 Teunissen、Abraham J P 和 Sofias、Alexandros Marios 和 Mourits、Vera P 和Willemsen、Lisa 和 Klein、Emma Dand Oosterwijk、Roderick S 和 Meerwaldt、Anu E 和 Munitz、Jazz 和 Prévot、Geoffrey 和 Vera Verschuu 训练有素的免疫力,一种骨髓细胞的功能状态,已被提议作为一个引人注目的免疫肿瘤学目标。其有效诱导需要骨髓中的骨髓祖细胞直接参与。为此,我们开发了一种亲骨髓的纳米生物平台,专门设计用于诱导转化...

鳞翅目中 CenH3 缺陷全着丝粒的形成避免了活性染色质。 Senaratne、Aruni P 和 Muller、Héloïse 和 Fryer、Kelsey A 和 Kawamoto、Munetaka 和 Katsuma、Susumu 和 Drinnenberg、Ines A 尽管忠实的染色体分离是必不可少的,但真核生物的着丝粒结构是多种多样的,体现了两种主要结构:单着丝粒和全着丝粒,分别指着丝粒活动的局部或不受限制的分布。在这两者中,一些全着丝粒提供电流...

原代人真皮淋巴管和血管内皮细胞谱系特异性的表观遗传调控。 Tacconi、Carlotta 和 He、Yuliang 和 Ducoli、Luca 和 Detmar、Michael 淋巴管和血管内皮细胞 (EC) 具有一些分子和发育特征。然而,这两种细胞类型具有不同的表型特征,反映了它们不同的生物学功能。尽管在阐明淋巴管和血管的规范如何...

OxLDL 介导的内皮细胞免疫记忆方面取得了重大进展。 Sohrabi Y、Lagache SMM、Voges VC、Semo D、Sonntag G、Hanemann I、Kahles F、Waltenberger J、Findeisen HMTrained 先天免疫描述了先天免疫细胞的代谢重编程和长期促炎激活,以应对不同的病原体或相关损伤分子模式,例如氧化低密度脂蛋白 (oxLDL)。在这里,我们调查了火车的监管网络是否...

人类整合复合物通过对新生转录本进行核酸内切酶切割来促进转录延伸。 Beckedorff F, Blumenthal E, daSilva LF, Aoi Y, Cingaram PR, Yue J, Zhang A, Dokaneheifard S, Valencia MG, Gaidosh G, Shilatifard A, Shiekhattar RNA 聚合酶 II (RNAPII) 转录在人类基因组中普遍存在。然而,控制启动子和增强子转录的机制仍然是个谜。在这里,我们证明整合子复合体的催化亚基整合子亚基 11 (INTS11) 调节这些位点的转录...

前列腺癌在转移过程中重新激活发育表观基因组程序。 Pomerantz MM、Qiu X、Zhu Y、Takeda DY、Pan W、Baca SC、Gusev A、Korthauer KD、Severson TM、Ha G、Viswanathan SR、Seo JH、Nguyen HM、Zhang B、Pasaniuc B、Giambartolomei C、Alaiwi SA , Bell CA, O\'Connor EP, Chabot MS, Stillman DR, Lis R, Font-Tello A, Li L, 表观遗传过程控制前列腺癌 (PCa) 生物学,正如 PCa 细胞对雄激素受体 (AR) 的依赖性所证明的那样,雄激素受体是一种前列腺主转录因子。我们生成了 268 个表观基因组数据集,涵盖标本中从正常前列腺上皮细胞到局部前列腺癌再到转移瘤的两种状态转变......

IVF/ICSI 胎盘样本中印迹基因的低甲基化与组蛋白的伴随变化相关修改。 Choux C、Petazzi P、Sanchez-Delgado M、Hernandez Mora JR、Monteagudo A、Sagot P、Monk D、Fauque P 尽管越来越多的孩子通过辅助生殖技术 (ART) 出生,但 ART 的安全性尚未得到充分证明。值得注意的是,ART 可能会扰乱植入的微妙步骤,并通过破坏表观遗传调控引发具有潜在长期影响的胎盘相关不良后果。我们...

Dppa2 和 4 的多能性表观遗传启动促进了多谱系承诺。 Eckersley-Maslin MA, Parry A, Blotenburg M, Krueger C, Ito Y, Franklin VNR, Narita M,D\'Santos CS, Reik W如何在发育过程中建立表观遗传景观仍在阐明中。在这里,我们发现发育多能性相关 2 和 4 (DPPA2/4) 作为表观遗传启动因子,在以 lo...为特征的重要发育二价启动子子集中建立允许的表观遗传景观。

PRMT5 的基因组失调支持慢性淋巴细胞白血病的生长和压力耐受性。 Schnormeier AK、Pommerenke C、Kaufmann M、Drexler HG、Koeppel M 患有慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 的患者表现出高度多样化的临床过程,从惰性病例到侵袭性疾病,具有类似于这种多样性的遗传和表观遗传特征。在这里,我们开发了一种结合各种分子和临床数据的综合方法来确定...

IVF/ICSI 胎盘样品中印记基因的低甲基化与组蛋白修饰的伴随变化有关。 Choux C.等人。虽然更随着越来越多的孩子通过辅助生殖技术 (ART) 出生,ART 的安全性尚未得到充分证明。值得注意的是,ART 可能会扰乱植入的微妙步骤,并通过破坏表观遗传调控引发具有潜在长期影响的胎盘相关不良后果。我们...

测量人类寄生虫曼氏血吸虫的组蛋白修饰 de Carvalho Augusto R, Roquis D, Al Picard M, Chaparro C, Cosseau C, Grunau C.DNA 结合蛋白在曼氏血吸虫的发育和性生物学等许多主要过程,对血吸虫病的发病机制具有重要意义。染色质免疫沉淀 (ChIP) 实验和测序 (ChIP-seq) 有助于表征 ge...

Silene latifolia X 和 Y 染色体中的组蛋白翻译后修饰表明类似哺乳动物的剂量补偿系统 Luis Rodríguez Lorenzo José, Hubinský Marcel, Vyskot Boris, Hobza RomanSilenelatifolia 是研究植物进化年轻异形性染色体进化的模式生物。先前的研究表明 Y 等位基因退化和剂量补偿系统已经在运行。在这里,我们提出了一种基于对几种组蛋白翻译后分析的表观遗传学方法...

TET3 在神经定型过程中控制 H3K27me3 去甲基化酶 Kdm6b 的表达。 Montibus B, Cercy J, Bouschet T, Charras A, Maupetit-Méhouas S, Nury D, Gonthier-Guéret C, Chauveau S, Allegre N, Chariau C, Hong CC, Vaillant I, Marques CJ, Court F, Arnaud P收购细胞身份与细胞组蛋白甲基化特征的发育调节变化有关。例如,对神经分化的承诺依赖于 H3K27me3 的严格控制获得或损失,H3K27me3 是多梳介导的转录基因沉默的标志,在特定...

体外捕获和表征胚胎玫瑰花结阶段nai之间的多能性ve 和 prime 状态。 Neagu A、van Genderen E、Escudero I、Verwegen L、Kurek D、Lehmann J、Stel J、Dirks RAM、van Mierlo G、Maas A、Eleveld C、Ge Y、den Dekker AT、Brouwer RWW、van IJcken WFJ、Modic M, Drukker M, Jansen JH, Rivron NC, Baart EB, Marks H, Ten Berge D植入后,小鼠囊胚的幼稚多能外胚层产生玫瑰花结,经历发光并形成启动的多能卵圆柱体,它能够产生胚胎组织。多能性进展和形态发生如何关联以及是否存在中间多能性...

TGF-β 促纤维化级联靶向近端小管上皮细胞中的 ecto-5\'-核苷酸酶基因,是进展性糖尿病肾脏的可追踪标志物疾病。 Cappelli C、Tellez A、Jara C、Alarcón S、Torres A、Mendoza P、Podestá L、Flores C、Quezada C、Oyarzún C、Martín RS 进行性糖尿病肾病 (DN) 和肾功能丧失与肾纤维化相关。 TGF-&bet之间的串扰A;腺苷能信号有助于细胞的表型转变和 DN 模型中的肾纤维化。我们评估了 TGF-β 对编码 ec...的 NT5E 基因表达的作用。

LXR 激活在人单核细胞中诱导促炎训练的先天免疫表型 Sohrabi Yahya、Sonntag Glenn V. H.、Braun Laura C. , Lagache Sina M. M., Liebmann Marie, Klotz Luisa, Godfrey Rinesh, Kahles Florian, Waltenberger Johannes, Findeisen Hannes M. 受过训练的先天免疫的概念描述了先天免疫细胞中的长期促炎记忆。训练有素的先天免疫通过重新编程细胞代谢途径(包括胆固醇和脂肪酸合成)来调节。在这里,我们分析了肝脏 X 受体 (LXR) 的作用,这是一种关键调节...

MORC 驱动的转录开关控制着弓形虫的发育轨迹和性承诺。 Farhat DC, Swale C, Dard C, Cannella D, Ortet P, Barakat M, Sindikubwabo F, Belmudes L, De Bock PJ、Couté Y、Bougdour A、Hakimi MAToxoplasma gondii 具有复杂的生命周期,其典型特征是发生在脊椎动物中的无性发育和只发生在猫科动物中的有性生殖,因此研究较少。发育转变依赖于基因表达模式的变化,最近的研究表明...

重组可能在免疫球蛋白重链重组中心不存在转录的情况下发生。 Oudinet C、Braikia FZ、Dauba A、Khamlichi AA 发育中的 B 细胞进行 V(D)J 重组以产生大量 Ig 分子。 V(D)J 重组由重组中心 (RC) 中的 RAG1/RAG2 复合体启动,复合体可访问基因片段。转录是可及性的起因还是...

zeste 2 增强子的甲基转移酶活性的抑制导致斑马鱼脂质积累增强和染色质状态改变。登布罗德呃 MJ、Ballangby J、Kamminga LM、Alestrom P、Legler J、Lindeman LC、Kamstra JH 背景:最近的研究表明,接触环境化学物质可能会增加患代谢疾病的易感性。这种易感性可能部分是由表观遗传景观的变化引起的,从而影响基因表达并导致脂质代谢的变化。表观遗传...

靶向巨噬细胞组蛋白 H3 修饰作为利什曼原虫策略抑制 NF-κB/NLRP3 介导的炎症反应。 Lecoeur H, Prina E, Rosazza T, Kokou K, N\'Diaye P, Aulner N, Varet H, Bussotti G, Xing Y, Milon G, Weil R, Meng G, Späth GFA 巨噬细胞在细胞内感染期间异常激活会产生免疫病理学,可导致严重的人类发病率。更好地了解免疫颠覆策略和巨噬细胞表型和功能反应对于设计宿主导向的干预策略是必要的。在这里,我们发现了一个 f...

Replicational DilH3K27me3 在哺乳动物细胞中的作用和平衡启动子的作用。 Jadhav U、Manieri E、Nalapareddy K、Madha S、Chakrabarti S、Wucherpfennig K、Barefoot M、Shivdasani RAPolycomb 抑制复合物 2 (PRC2) 将 H3K27me3 置于发育基因处,并与保持二价基因沉默有因果关系。目前尚不清楚这种沉默是否需要最低 H3K27me3 水平,以及该标记如何在哺乳动物体细胞世代之间忠实地传递。缺乏 EZH2 的小鼠肠细胞 ...

表型可区分、基因相同的雌性和雄性水蚤的综合表观基因组分析。 Kvist J, Athanàsio CG, Pfrender ME, Brown JB, Colbourne JK, Mirbahai LBACKGROUND:水溞物种通过涉及有性和无性繁殖的周期性孤雌生殖进行繁殖。后代的性别由环境决定,并通过母亲的内分泌信号介导。有趣的是,雄性和雌性水蚤在基因上可以相同,但表现出很大差异...

通过天然染色质免疫沉淀法分析啮齿动物胰岛中的组蛋白修饰。 Sandovici I, Nicholas LM, O\'Neill LP朗格汉斯岛是分散在整个胰腺中的细胞簇,它们产生多种激素,这些激素对于控制各种代谢过程至关重要,包括葡萄糖稳态和脂质代谢。研究胰岛细胞的转录控制对于......

LPS 或 PolyIC 暴露后猪肺泡巨噬细胞基因调控区 H3K27ac 的变化具有重要意义。 Herrera-Uribe、Juber 和 Liu、Haibo 和 Byrne、Kristen A 和 Bond、Zahra Fand Loving、Crystal L 和 Tuggle、Christopher K 染色质结构的变化,尤其是组蛋白修饰 (HMs) 与转录机制的染色质可及性相关,被认为在转录调控中发挥重要作用。肺泡巨噬细胞 (AM) 是重要的免疫细胞,用于保护对抗肺部病原体,并且必须...

使用组蛋白标记 ChIP-Seq 对马基因组中的调控元件进行功能注释。 Kingsley NB、Kern C、Creppe C、Hales EN、Zhou H、Kalbfleisch TS、MacLeod JN、Petersen JL、Finno CJ、Bellone RR 动物基因组功能注释 (FAANG) 计划的主要目标之一是表征组织特异性动物基因组内的调控。为此,我们使用染色质免疫沉淀和测序 (ChIP-Seq) 来绘制四种组蛋白修饰(H3K4me1、H3K4me3、H3K27ac 和 H3K27me...)

H3K4me1 支持系统诱导的记忆样 NK 细胞炎症。Rasid O、Chevalier C、Camarasa TM、Fitting C、Cavaillon JM、Hamon MA 自然杀伤 (NK) 细胞是先天免疫的独特参与者,因此是免疫治疗的一个有吸引力的目标。NK 细胞在某些模型中显示免疫记忆特性, 但全身炎症后 NK 细胞的长期状态尚不清楚。在这里我们展示了以下内容wing LPS 诱导的小鼠内毒素血症

训练有素的免疫调节炎症诱导的纤维化。 Jeljeli M、Riccio LGC、Doridot L、Chêne C、Nicco C、Chouzenoux S、Deletang Q、Allanore Y、Kavian N、Batteux F慢性炎症和纤维化可能由巨噬细胞介导的不适当激活的免疫反应引起。巨噬细胞可以获得类似记忆的特征以响应抗原暴露。在这里,我们展示了 BCG 或低剂量 LPS 刺激对巨噬细胞表型、细胞因子产生的影响,...

MicroRNA-708 是骨髓细胞中 Hoxa9 程序的新型调节剂。 Schneider E、Pochert N、Ruess C、MacPhee L、Escano L、Miller C、Krowiorz K、Delsing Malmberg E、Heravi-Moussavi A、Lorzadeh A、Ashouri A、Grasedieck S、Sperb N、Kumar Kopparapu P、Iben S、Staffas A、Xiang P、Rösler R、Kanduri M、Larsson E、Fogelstrand L,微小 RNA (miRNA) 在急性髓性白血病 (AML) 中通常失调,不仅通过直接靶向影响关键基因g,而且还通过下游效应器的调制。同源框 (Hox) 基因在许多组织和异常 Hox 基因中平衡自我更新、增殖、细胞死亡和分化...

表观遗传重塑允许成人胆管细胞形成类器官和肝脏再生。 Aloia L, McKie MA, Vernaz G, Cordero-Espinoza L, Aleksieva N, van den Ameele J, Antonica F, Font-Cunill B, Raven A, Aiese Cigliano R, Belenguer G, Mort RL, Brand AH, Zernicka-Goetz M , Forbes SJ, Miska EA, Huch M 在严重或慢性肝损伤后,成体导管细胞(胆管细胞)通过恢复肝细胞和胆管细胞促进再生。我们最近发现,导管细胞克隆性扩增为自我更新的肝脏类器官,保留了分化为肝细胞和导管的能力……

神经胶质瘤的转录改变主要是由 DNA 甲基化非依赖性机制引起的。 Court F, Le Boiteux E, Fogli A, Müller-Barthélémy M, Vaurs-Barrière C, Chautard E, Pereira B, Biau J, Kemeny JL, Khalil T, Karayan-Tapon L, Verrelle P, Arnaud Pin 在癌细胞中,异常的 DNA 甲基化通常与转录改变相关,包括肿瘤抑制基因的沉默。然而,包括多梳抑制标记在内的多种表观遗传机制导致癌症中的基因失调。剖析 DNA 甲基的相对贡献...

与波兰人群结直肠癌相关的低外显率风险变异 rs6702619/1p21.2 的功能分析。 Statkiewicz M、Maryan N、Kulecka M、Kuklinska U、Ostrowski J、Mikula M 多项研究采用单核苷酸多态性 (SNP) 的全基因组关联 (GWA) 分析来识别结直肠癌 (CRC) 的易感区域。然而,探索将 SNP 与癌症生物学相关联的作用的功能研究是有限的。在此,使用染色质免疫沉淀...

β-葡聚糖诱导的训练免疫可预防利什马nia braziliensis 感染:IL-32 的关键作用。 Dos Santos JC、Barroso de Figueiredo AM、Teodoro Silva MV、Cirovic B、de Bree LCJ、Damen MSMA、Moorlag SJCFM、Gomes RS、Helsen MM、Oosting M、Keating ST、Schlitzer A、Netea MG、Ribeiro-Dias F、Joosten LABAmerican tegumentary leishmaniasis 是由利什曼原虫引起的媒介传播的寄生虫病。先天免疫细胞经历长期功能重编程,以响应感染或卡介苗 (BCG) 疫苗接种,通过称为训练免疫的过程,赋予非特异性保护...

超增强子的重新激活人类头颈鳞状细胞癌中的 KLF4。 Tsompana M、Gluck C、Sethi I、Joshi I、Bard J、Nowak NJ、Sinha S、Buck MJ头颈鳞状细胞癌 (HNSCC) 是一种发病率和死亡率都很高的疾病,很少在早期诊断出来。尽管有广泛的遗传和基因组特征,但缺乏 HNSCC 的靶向治疗和诊断标记由于视网膜发育过程中视网膜内在的异质性和复杂性...

核动力学。 Norrie JL、Lupo MS、Xu B、Al Diri I、Valentine M、Putnam D、Griffiths L、Zhang J、Johnson D、Easton J、Shao Y、Honnell V、Frase S、Miller S、Stewart V、Zhou X、Chen X, Dyer MA 当祖细胞在发育过程中产生 7 类视网膜细胞类型时,超过 8,000 个基因被打开或关闭。数以千计的增强子在发育中的视网膜中也很活跃,其中许多具有细胞和发育阶段特异性活性的特征。我们研究了 3D 染色质区的动态变化...

小鼠 Müller 胶质细胞的发育和表观遗传可塑性。 Dvoriantchikova G、Seemungal RJ、Ivanov D在某些物种中发现了在受伤后再生整个视网膜和恢复失明的能力,并且主要依赖于 Müller 神经胶质细胞的表观遗传可塑性。了解哺乳动物 Müller 胶质细胞作为视网膜再生祖细胞来源的作用, 我们研究了基因表达的变化...

alarmin S100A9 通过降低 RANK 的表达来阻碍破骨细胞从人类循环前体细胞分化。 Di Ceglie I, Blom AB, Davar R, Logie C, Martens JHA, Habibi E, Böttcher LM, Roth J, Vogl T, Goodyear CS, van der Kraan PM, van Lent PL, van den Bosch MHalarmin S100A8/A9 牵连在无菌炎症诱导的骨吸收中,并已被证明可以增加成熟破骨细胞的骨吸收能力。在这里,我们研究了 S100A9 对破骨细胞从人 CD14 循环前体分化的影响。至此,人类 CD14+ 单核细胞被...

探讨 BAP1 在 CRISPR 工程人类肝脏类器官中的肿瘤抑制功能。 Artegiani B, van Voorthuijsen L, Lindeboom RGH, Seinstra D, Heo I, Tapia P, López-Iglesias C, Postrach D, Dayton T, Oka R, Hu H, van Boxtel R, van Es JH, Offerhaus J, Peters PJ, van Rheenen J, Vermeulen M, Clevers H去泛素化酶 BAP1 是一种肿瘤r 抑制因子,除其他外与胆管癌有关。 BAP1 有许多提议的分子靶标,而其果蝇同系物已知可使组蛋白 H2AK119 去泛素化。我们通过 CRISPR/Cas9 在正常人胆管细胞类器官中引入 BAP1 功能丧失。我们发现...

ETV5、RBPJ 和 TCF3 的互补活动驱动从原始多能性的形成转变。 Kalkan T、Bornelöv S、Mulas C、Diamanti E、Lohoff T、Ralser M、Middelkamp S、Lombard P、Nichols J、Smith A 幼稚小鼠胚胎干细胞 (ESC) 的基因调控网络 (GRN) 必须重新配置以启用谱系承诺。 TCF3 通过抑制 ESC 转录因子电路的组件来制裁重新布线。然而,TCF3 耗尽只会延迟而不会阻止向形成性多能性的转变。 H...

PML 调节 H3.3 靶向小鼠成纤维细胞中的端粒和着丝粒重复序列。 Spirkoski J、Shah A、Reiner AH、Collas P、Delbarre ET 组蛋白变体 H3 的靶向沉积。3 进入染色质对于正确调节染色质完整性至关重要,特别是在包括重复的异染色质区域。我们最近表明,早幼粒细胞白血病 (PML) 蛋白可防止 H3.3 沉积在大型异色 PML 联合体中...

长基因间非编码 RNA 调节人肺成纤维细胞功能:对特发性肺病的影响肺纤维化。 Hadjicharalambous MR、Roux BT、Csomor E、Feghali-Bostwick CA、Murray LA、Clarke DL、Lindsay MAP 肺成纤维细胞的表型变化被认为有助于特发性肺纤维化 (IPF) 的发展,这是一种进行性和致命性肺部疾病。长基因间非编码 RNA (lincRNA) 已被确定为基因表达和蛋白质活性的新型调节因子。在未受刺激的细胞中,我们...

鉴定 ADGRE5 作为区分 Burkitt 淋巴瘤和弥漫性大 B 细胞淋巴瘤的 MYC 靶标。 Kleo K、Dimitrova L、Oker E、Tomaszewski N、Berg E、Taruttis F、Engelmann JC、Schwarzfischer P、Reinders J、Spang R、Gronwald W、Oefner PJ、Hummel 背景:MYC 是一种异质表达的转录因子,在细胞增殖和分化等许多生物过程中发挥着多功能作用。它还与许多类型的癌症有关,包括恶性淋巴瘤。侵袭性 B 细胞淋巴瘤有两种类型,名称...

Kdm6b 调节环境依赖性造血干细胞自我更新和白血病发生。 Mallaney C、Ostrander EL、Celik H、Kramer AC、Martens A、Kothari A、Koh WK、Haussler E、Iwamori N、Gontarz P、Zhang B、Challen GA 组蛋白去甲基化酶 KDM6B (JMJD3) 在血液疾病中上调,表明它可能具有重要的致病功能。在这里,我们检查了 Kdm6b 在造血干细胞 (HSC) 中的功能,以评估其作为治疗靶点的潜力。 Kdm6b 的缺失导致表型和功能的耗尽...

揭示了 Bcl2 的关键调节因子通过与 T 细胞分化相关的 lncRNA 的系统转录发现。 Saadi W, Kermezli Y, Dao LTM, Mathieu E, Santiago-Algarra D, Manosalva I, Torres M, Belhocine M, Pradel L, Loriod B, Aribi M, Puthier D, Spicuglia S正常的T细胞分化需要一个复杂的调控网络,它支持一系列成熟步骤,包括谱系定型、T 细胞受体 (TCR) 基因重排以及胸腺阳性和阴性选择。然而,由于 T-ce 有限,难以评估潜在的分子机制。

TCF3 作为母细胞肾母细胞瘤潜在主调节因子的作用。 Kehl T, Schneider L, Kattler K, Stöckel D, Wegert J, Gerstner N, Ludwig N, Distler U, Tenzer S, Gessler M, Walter J, Keller A, Graf N, Meese E, Lenhof HPWilms 肿瘤是最常见的类型小儿肾脏肿瘤。虽然患者的总体预后良好,尤其是在术前化疗后表现出母细胞亚型的肿瘤具有预后不良。为了改进风险评估和治疗分层,必须确定...

胚胎增强子和存储在低甲基化增强子 DNA 中的基因记忆的广泛恢复。 Jadhav U、Cavazza A、Banerjee KK、Xie H、O\'Neill NK、Saenz-Vash V、Herbert Z、Madha S、Orkin SH、Zhai H、Shivdasani RA 发育中的组织和成人组织使用不同的顺式调控元件。尽管一些退役的胚胎增强子中的 DNA 在成体细胞中甲基化不足,但尚不清楚这种假定的表观遗传记忆是否完整且可恢复。我们发现,在成年小鼠细胞中,低甲基化的 CpG 二核苷酸保留了...

成年小鼠视网膜色素上皮细胞再生视网膜组织能力受损的表观遗传学基础。 Dvoriantchikova G、Seemungal RJ、Ivanov D两栖动物视网膜色素上皮细胞 (RPE) 的表观遗传可塑性使它们能够再生整个视网膜,这是哺乳动物已知不存在的特征。在这项研究中,我们邀请评估了成年小鼠 RPE 的表观遗传可塑性,以确定阻止哺乳动物 RPE 再生视网膜的可能机制...

基于染色质的遗传异质性 AML 分类为具有不同干性表型的两种不同亚型。 Yi G, Wierenga ATJ, Petraglia F, Narang P, Janssen-Megens EM, Mandoli A, Merkel A, Berentsen K, Kim B, Matarese F, Singh AA, Habibi E, Prange KHM, Mulder AB, Jansen JH, Clarke L, Heath S、van der Reijden BA、Flicek P、Yaspo ML、Gut I、Bock C、Schuringa JJ 对急性髓性白血病 (AML) 组蛋白标记的全球调查仍然有限。通过综合转录和染色质标记分析对 38 个 AML 样本进行分析,揭示了 2 种主要亚型。一种亚型以携带 NPM1 突变或 MLL 融合基因的患者为主,显示调节...

非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤染色质状态的综合分析确定了 SWI/SNF 和 Polycomb 在肿瘤中的不同作用基因调控名词Erkek S, Johann PD, Finetti MA, Drosos Y, Chou HC, Zapatka M, Sturm D, Jones DTW, Korshunov A, Rhyzova M, Wolf S, Mallm JP, Beck K, Witt O, Kulozik AE, Frühwald MC, Northcott PA , Korbel JO, Lichter P, Eils R, Gajjar A, Roberts CWM, Williamson D, Hasselbla SMARCB1 的双等位基因失活,编码 SWI/SNF 染色质重塑复合物的成员,是非典型畸胎样横纹肌样瘤 (ATRT) 的标志性遗传畸变。在这里,我们报告了 SMARCB1 的缺失如何影响这些肿瘤的表观基因组。使用染色质免疫沉淀测序 (ChIP-seq) 对原始...

Wnt 驱动的 Mll1 表观基因组调节唾液腺和头颈癌。 Zhu Q、Fang L、Heuberger J、Kranz A、Schipper J、Scheckenbach K、Vidal RO、Sunaga-Franze DY、Müller M、Wulf-Goldenberg A、Sauer S、Birchmeier WWe 确定了一个作用于 Wnt/β 下游的调节系统-唾液腺和头颈癌中的连环蛋白信号传导。我们在小鼠肿瘤模型中展示了 K14-Cre 诱导的 Wnt/β-catenin 功能获得和 Bmpr1a 功能丧失突变使肿瘤增殖细胞表现出增加的 Mll1 活性...

γ 辐射诱导斑马鱼和大西洋中组蛋白修饰富集的位点特异性变化三文鱼。 Lindeman LC、Kamstra JH、Ballangby J、Hurem S、Martín LM、Brede DA、Teien HC、Oughton DH、Salbu B、Lyche JL、Aleström这些过程中的 DNA 形式。组蛋白的翻译后修饰控制染色质的组织,从而控制最终影响表型的转录反应。 Th...

突变体 p63 通过重新连接增强子景观影响表皮细胞身份。 Qu J, Tanis SEJ, Smits JPH, Kouwenhoven EN, Oti M, van den Bogaard EH, Logie C, Stunnenberg HG, van Bokhoven H, Mulder KW, Zhou H转录因子 p63 是表皮角质形成细胞增殖和 d 的关键调节因子分化。 p63 DNA 结合域的突变与畸形、外胚层发育不良和唇裂/腭裂 (EEC) 综合征有关。然而,这些突变的潜在分子机制仍不清楚....

启动子二价性有利于胚胎干细胞中开放的染色质结构。 Mas G, Blanco E, Ballaré C, Sansó M, Spill YG, Hu D, Aoi Y, Le Dily F, Shilatifard A, Marti-Renom MA, Di Croce Lin 在胚胎干细胞 (ESC) 中,发育基因启动子的特征在于它们二价染色质状态,同时被 MLL2 和 Polycomb 复合物修饰。虽然对胚胎发生至关重要,但二价性在功能上还不是很清楚。在这里,我们表明 MLL2 在 ESC 基因中起着核心作用。

PRC2 靶向是 EZ 评分定义的高危多发性骨髓瘤患者的一种治疗策略,可克服对 IMiD 的耐药性。 Herviou L、Kassambara A、Boireau S、Robert N、Requirand G、Müller-Tidow C、Vincent L、Sekinger A、Goldschmidt H、Cartron G、Hose D、Cavalli G、Moreaux J 背景:多发性骨髓瘤 (MM) 是一种恶性浆细胞疾病,存活率很低,其特征是骨髓内骨髓瘤细胞 (MMC) 的积累。 MM 的表观遗传修饰不仅与癌症的发生和发展有关,而且与耐药性有关。方法:我们确定...

衣康酸盐途径是连接先天免疫耐受和训练免疫的中央调节节点 Domínguez-Andrés Jorge、Novakovic Boris、Li Yang、Scicluna Brendon P.、Gresnigt Mark S.、 Arts Rob J.W.、Oosting Marije、Moorlag Simone J.C.F.M.、Groh Laszlo A.、Zwaag Jelle、Koch Rebecca M.、ter Horst Rob、Joosten Leo A.B.、Wijmenga Cisca、Michelucci AlesSepsis 涉及免疫系统的同时过度激活和免疫麻痹,导致器官功能障碍和对继发感染的易感性增加。骨髓细胞的急性激活诱导衣康酸合成,随后介导 inn吃了人类单核细胞的免疫耐受性。在...

绘制人类骨骼个体发育和多能干细胞衍生的关节软骨细胞的分子标志。 Ferguson GB、Van Handel B、Bay M、Fiziev P、Org T、Lee S、Shkhyan R、Banks NW、Scheinberg M、Wu L、Saitta B、Elphingstone J、Larson AN、Riester SM、Pyle AD、Bernthal NM、Mikkola HK、Ernst J、van Wijnen AJ、Bonaguidi M、Evseenko DT组织特异性基因表达定义了细胞特性和功能,但对早期人类发育的了解有限,阻碍了基于细胞疗法的应用。在这里,我们分析了单个胎儿阶段的 5 种不同细胞类型,以及体内 4 个阶段和体外 2 个阶段的软骨细胞...

RNA 测序和通路分析确定了与多毛症有关的重要通路Wiedemann-Steiner 综合征患者的智力障碍。 Mietton L、Lebrun N、Giurgea I、Goldenberg A、Saintpierre B、Hamroune J、Afenjar A、Billuart P、Bienvenu TA gr数量有限的组蛋白修饰剂与人类神经发育障碍有关,这表明染色质状态的适当调节对于中枢神经系统的发育至关重要。其中,编码组蛋白甲基转移酶的基因 KMT2A 中的杂合从头变异已被评估...

鼻病毒引起的喘息后的特应性哮喘与 SMAD3 基因启动子中的 DNA 甲基化变化有关。 Lund RJ, Osmala M, Malonzo M, Lukkarinen M, Leino A, Salmi J, Vuorikoski S, Turunen R, Vuorinen T, Akdis C, Lähdesmäki H, Lahesmaa R, Jartti T 患有鼻病毒引起的严重早期喘息的儿童患在以后的生活中患上哮喘。这种关联的确切分子机制仍然大部分未知。确定鼻病毒相关特应性或非特应性 a... 中转录和表观遗传调控的潜在变化

肠道类器官分化的综合多组学分析 Rik GH Lindeboom,Lisa van Voorthuijsen1、Koen C Oost、Maria J Rodríguez-Colman、Maria V Luna-Velez、Cristina Furlan、Floriane Baraille、Pascal WTC Jansen、Agnès Ribeiro、Boudewijn MT Burgering、Hugo J Snippert 和 Michiel Vermeulen体内,从而代表了一个强大的体外系统来研究谱系规范和细胞分化。在这里,我们将多组学框架应用于干细胞富集和干细胞耗尽的小鼠肠道类器官,以获得 ...

Polycomb 依赖性表观基因组控制 β 细胞功能障碍、去分化和糖尿病。 Lu TT, Heyne S, Dror E, Casas E, Leonhardt L, Boenke T, Yang CH, Sagar, Arrigoni L, Dalgaard K, Teperino R, Enders L, Selvaraj M, Ruf M, Raja SJ, Xie H, Boenisch U, Orkin SH, Lynn FC, Hoffman BG, Grün D, Vavouri T, Lempradl AM, Pospisilik JA迄今为止,染色质机制在多大程度上有助于复杂的疾病。在这里,我们将深度表观基因组图谱与单细胞转录组学相结合,以挖掘 2 型糖尿病染色质失调的证据。我们发现两个染色质状态标志...

慢性淋巴细胞白血病的参考表观基因组和调节染色质景观 Beekman R. 等人。慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 是一种常见的血液肿瘤,其中潜在的表观遗传改变只被部分理解。在这里,我们在正常 B 细胞分化的背景下分析了 7 个原发性 CLL 的参考表观基因组和 107 个原发性病例的调节染色质景观。

H3K9 甲基化增加和原钙粘蛋白表达受损与Kleefstra 综合征的认知功能障碍。 Iacono G, Dubos A, Méziane H, Benevento M, Habibi E, Mandoli A, Riet F, Selloum M, Feil R, Zhou H, Kleefstra T, Kasri NN, van Bokhoven H, Herault Y, Stunnenberg HGKleefstra 综合征,一种疾病智力障碍性、自闭症谱系障碍和其他发育缺陷是由 EHMT1 的单倍体不足引起的。尽管 EHMT1 及其旁系同源物 EHMT2 被证明是负责二甲基化 H3K9 (H3K9me2) 沉积的组蛋白甲基转移酶,但...

促炎细胞因子通过表观遗传变化激活缺氧诱导因子 3α间充质基质/干细胞。 Cuomo F、Coppola A、Botti C、Maione C、Forte A、Scisciola L、Liguori G、Caiafa I、Ursini MV、Galderisi U、Cipollaro M、Altucci L、Cobellis GHuman 间充质基质/干细胞 (hMSC)缺血性疾病的治疗工具,由于它们能够再生受损组织,促进血管生成和减少炎症,导致令人鼓舞但仍然有限的结果。探索 hMSC 治疗的临床试验的结果是......

表观遗传修饰剂促进线粒体生物合成和氧化代谢,从而增强神经祖细胞的分化. Martine Uittenbogaard、Christine A. Brantner、Anne Chiaramello1 在神经发育过程中,染色质乙酰化的表观遗传调节是一个动态的、连续的和关键的过程的一部分,该过程将多能神经祖细胞的命运转向特定的谱系。 Pan-HDAC 抑制剂 (HDCis) 通过产生\"乙酰化”特征和促进...触发神经元分化

Micro-ribonucleic acid-155 是 Meis1 的直接靶标,但不是急性髓性白血病的驱动因素Schneider E. et al.Micro-ribonucleic acid-155 (miR-155) 是最早描述的致癌 miRNA 之一。虽然已经确定了 miR-155 的多个直接靶标,但尚不清楚它如何促进急性髓性白血病的发病机制。我们发现 miR-155 是小鼠 Hoxa9/Meis1 诱导的急性...中 Meis1 的直接靶标。

通过甲羟戊酸途径代谢诱导受训免疫。 Bekkering S、Arts RJW、Novakovic B、Kourtzelis I、van der Heijden CDCC、Li Y、Popa CD、TerHorst R, van Tuijl J, Netea-Maier RT, van de Veerdonk FL, Chavakis T, Joosten LAB, van der Meer JWM, Stunnenberg H, Riksen NP, Netea MGInate 免疫细胞可以在微生物产品刺激后形成长期记忆感染或疫苗接种。在这里,我们报告代谢信号可以诱导训练有素的免疫力。药理学和遗传学实验表明,胆固醇合成途径的激活,而不是...

BCG 疫苗接种通过诱导与训练有素的免疫力相关的细胞因子来防止人类实验性病毒感染。 Arts RJW、Moorlag SJCFM、Novakovic B、Li Y、Wang SY、Oosting M、Kumar V、Xavier RJ、Wijmenga C、Joosten LAB、Reusken CBEM、Benn CS、Aaby P、Koopmans MP、Stunnenberg HG、van Crevel R、Netea MG结核病疫苗卡介苗 (BCG) 对非相关感染具有异源有益作用。这些影响的基础在人类身上的探索很少。在一个随机在安慰剂对照的人类挑战研究中,我们发现接种 BCG 疫苗可诱导全基因组表观遗传重...

衰老相关重编程促进癌症干性。 Milanovic M、Fan DNY、Belenki D、Däbritz JHM、Zhao Z、Yu Y、Dörr JR、Dimitrova L、Lenze D、Monteiro Barbosa IA、Mendoza-Parra MA、Kanashova T、Metzner M、Pardon K、Reimann M、Trumpp A , Dörken B, Zuber J, Gronemeyer H, Hummel M, Dittmar G, Lee S, Schmitt C 细胞衰老是一种应激反应性细胞周期停滞程序,可终止(前)恶性细胞的进一步扩张。衰老机制的关键信号组分,如 p16、p21 和 p53,以及组蛋白 H3 (H3K9me3) 赖氨酸 9 的三甲基化,也作为 s...的关键调节因子发挥作用。

MLL2 传递转录-卵母细胞中的独立 H3K4 三甲基化 Hanna C.W. 等人组蛋白 3 K4 三甲基化(沉积 H3K4me3 标记)通常与活性启动子相关,但矛盾的是发生在未转录的域ns。描述靶向 H3K4 甲基转移酶的机制的研究正在进行中。卵母细胞提供了一个有吸引力的系统来研究这些机制,因为...

组蛋白代码阅读器 Spin1 控制骨骼肌发育 Greschik H. 等人。虽然一些研究将组蛋白代码阅读器 Spin1 的表达增加与肿瘤形成或生长,对该蛋白的生理功能知之甚少。我们使用 Myf5-Cre 删除菌株生成了在成肌细胞前体中消融 Spin1 的 Spin1M5 小鼠。大多数 Spin1M5 小鼠很快死亡...

原位固定重新定义骨骼肌干细胞的静止和早期激活,旨在捕捉他们的体内状态。然而,大多数细胞分离方案都涉及冗长的机械和酶促解离步骤,然后是流式细胞术,将细胞暴露于 stres...

GATA2/3-TFAP2A/C 转录因子网络偶联人多能干细胞向滋养外胚层分化并抑制多能性 Krendl C. 等人阐明 BMP4 诱导分化的分子基础为了研究人类多能干细胞 (PSC) 向具有滋养外胚层特征的后代,我们制作了转录组、表观基因组 H3K4me3、H3K27me3 和滋养层祖细胞的 CpG 甲基化图谱,使用表面标记 APA 进行纯化。我们结合...

混合谱系白血病 4 (MLL4) 甲基转移酶复合物参与转化生长因子 β (TGF-β) 激活的基因转录。 Baas R. et al.Sma 和 Mad 相关 (SMAD) 介导的转化生长因子 β (TGF-β) 和骨形态发生蛋白 (BMP) 信号是各种细胞过程所必需的。活化的异源三聚体 SMAD 蛋白复合物与核蛋白相关,例如组蛋白乙酰转移酶 p300、PCAF 和 M...

预测来自 ChIP-Seq 时间过程数据的刺激依赖性增强子-启动子相互作用 Dzida T. 等人。我们开发了一种机器学习方法,利用基因组蛋白占用随时间变化的证据来预测刺激依赖性增强子-启动子相互作用。随着时间的推移,我们测量了雌激素受体 α (ERα)、RNA 聚合酶 (Pol II) 和组蛋白标记 H2AZ 和 H3K4me3 的占据...

5q15 处多发性骨髓瘤的遗传易感性由 ELL2 增强子介导多态性 Li N. et al. 多发性骨髓瘤 (MM) 是浆细胞的恶性肿瘤。全基因组关联研究表明,5q15 的变异会影响 MM 风险。在这里,我们试图破译 5q15 的因果变异及其影响肿瘤发生的机制。我们显示 rs6877329G > C 位于预测的 ...

活化 T 细胞中的染色体接触识别自身免疫性疾病候选基因 Burren OS 等人。背景:自身免疫性疾病相关 va突变体优先存在于免疫细胞的调节区,尤其是 CD4+ T 细胞。将此类调控区域与疾病相关细胞环境中的基因启动子联系起来有助于识别候选疾病基因。结果:在 4 小时内,行动...

lncRNA 微调涉及 Lin28 的细胞状态转变的动力学, let-7 和 de novo DNA 甲基化 Li M.A. et al. 多能性的执行需要从小鼠胚胎干细胞 (ESC) 代表的幼稚状态进展到能够进行谱系规范的状态。这种转变在多个层面进行协调。非编码 RNA 可能有助于调节管弦乐队。我们确定了啮齿动物特异性...

PWWP2A 与 H2A.Z 的多价结合可调节有丝分裂和神经嵴分化功能。基本组蛋白变体 H2A.Z 影响 vario我们通过知之甚少的机制进行基于 DNA 的过程。在这里,我们确定了 H2A.Z 的综合相互作用组并将 PWWP2A 确定为一种新的...

17q21.31 微缺失和微复制综合征的小鼠模型突出了 Kansl1 对认知的重要性 Arbogast T. 等人。 Koolen-de Vries 综合征 (KdVS) 是一种多系统疾病,其特征是智力障碍、友善行为和先天性畸形。该综合征是由 17q21.31 染色体区域的微缺失或 KANSL1 基因的变异引起的。 The reciprocal 17q21.31 microduplication syndrome...

血小板功能被巨核细胞超级增强子中常见的序列变异所改变 Petersen R. et al.Linking non-coding genetic variants associated with the risk of diseases or disease-目标基因的相关性状是在引入精准医学中实现 GWAS 潜力的关键一步。在这里,我们着手确定支持变异 ass 的机制使用...

小鼠 T 细胞系中的染色质免疫沉淀 (ChIP) 与血小板数量性状的关系 Giaimo B.D.等人。信号通路通过调节不同水平的染色质结构来调节基因表达程序,例如通过组蛋白尾部的翻译后修饰 (PTM)、典型组蛋白与组蛋白变体的交换以及核小体驱逐。这种调节需要结合信号...

DNMT 和 HDAC 抑制剂诱导编码在长末端重复中的隐蔽转录起始位点 Brocks D. 等人已经提出了 DNA 甲基转移酶和组蛋白脱乙酰酶的几种作用机制抑制剂(DNMTi 和 HDACi),主要基于候选基因方法。然而,人们对它们的全基因组转录和表观基因组后果知之甚少。通过映射全局转录起始位点 (TSS) 和...

p63 的进化重新布线和角质形成细胞及其罐中的表观基因组调控景观对物种特异性基因表达和表型的重要影响 Sethi I. et al. 尽管表皮角质形成细胞的发育和分化在人类和小鼠之间以相似的方式进行,但进化压力也造成了显着的物种特异性生理差异。物种之间的这些差异部分可能是由于调节网络的重新布线引起的,原因是...

RNA 聚合酶 III 亚基 POLR3G 调节 PolyA(+) 和 SmallRNA 转录组的特定子集以及人类多能干细胞中的剪接细胞。隆德等人。POLR3G 在人类多能干细胞 (hPSC) 中以高水平表达,并且是通过尚不详尽的机制维持干细胞状态所必需的。为探索 POLR3G 如何调节干细胞状态,我们对 hPSC 中存在的 polyA+ 和小 RNA 转录组进行了深度测序分析,并...

视网膜在发育、重编程和肿瘤发生过程中的动态表观遗传景观。阿尔diri I. et al. 在发育中的视网膜中,多能神经祖细胞以精确的时空顺序进行单向分化。在这里,我们分析了小鼠和人类视网膜形成过程中发生的表观遗传和转录变化。尽管一些祖细胞基因和细胞周期基因在表观遗传学上是单一的...

滑膜成纤维细胞的表观遗传学驱动的解剖多样性指导关节特异性成纤维细胞功能 Frank-Bertoncelj M, Trenkmann M, Klein K, Karouzakis E, Rehrauer H、Bratus A、Kolling C、Armaka M、Filer A、Michel BA、Gay RE、Buckley CD、Kollias G、Gay S、Ospelt CA 许多人类疾病,例如关节炎和动脉粥样硬化,包括特定解剖位置的特征性病理学。在这里,我们展示了来自不同关节位置的滑膜成纤维细胞的转录组学差异,并且 HOX 基因特征反映了小鼠和​​人类滑膜的关节特异性起源......

有效和选择性的 KDM5 抑制剂阻止细胞 DemethH3K4me3 在转录起始位点的基化和 MM1S 骨髓瘤细胞的增殖 Tumber A. 等人。组蛋白尾部赖氨酸残基的甲基化是一种动态的表观遗传修饰,在染色质结构和基因调控中起着关键作用。 KDM5(也称为 JARID1)亚家族的成员是 2-oxoglutarate (2-OG) 和 Fe2+ 依赖性加氧酶,充当组蛋白 3 赖氨酸 4 三甲基 (H3K4me3) 去甲基......

结直肠癌中基因间 LINE-1 启动子的 DNA 甲基化和活性然而,这一假设是基于早期研究的结果,这些研究偏向于年轻和换位活跃的元素。在这里,我们研究了 2 个基因间甲基化之间的关系...

评估细胞中的组蛋白去甲基化酶抑制剂:经验教训 Hatch S.B.等人背景组蛋白赖氨酸去甲基化酶(KDM) 由于其在染色质组织中的调节作用及其与包括癌症和精神障碍在内的疾病的紧密联系,因此作为药物靶点很受关注。 KDM1 的第一个 KDM 抑制剂已经进入临床试验,并且正在努力开发...

RNF40 以表观遗传背景依赖的方式调节基因表达 Xie W. et al.BACKGROUND:Monoubiquitination of H2B ( H2Bub1) 是一种很大程度上神秘的组蛋白修饰,与转录延伸有关。由于这种关联,人们普遍认为 H2Bub1 是一种完全正作用的组蛋白修饰,并且增加的 H2Bub1 占据相关性...

Menin 通过 Akt/Ezh2 介导的 H3K27 组蛋白修饰 Gherardi 调节 Inhbb 表达S. et al. 虽然 Men1 是一个众所周知的肿瘤抑制基因,但对其编码的蛋白质 Menin 的功能知之甚少。几年以来,许多出版物都支持 Menin 的主要作用在表观遗传学基因调控的控制中。虽然 Menin 与 MLL 复合物的相互作用有利于转录激活...

一种新的 DLX3-PKC 整合信号网络驱动角质形成细胞分化 Palazzo E. 等人。表皮稳态依赖于对角质形成细胞增殖和分化,这对于预防特应性皮炎、牛皮癣或癌症等皮肤病至关重要。我们最近表明,同源框转录因子 DLX3 和肿瘤抑制因子 p53 共同调节...

首次饲喂 Panserat S 时,饲喂不同维生素水平的幼年虹​​鳟鱼的肌肉分解代谢能力和整体肝脏表观基因组发生了改变. et al. 基于哺乳动物营养规划的概念,我们测试了首次喂食期间短期高维生素或低维生素刺激是否会引起虹鳟鱼营养代谢的长期变化。在外源饲料的前 4 周内收到的鳟鱼 alevins在没有补充剂的情况下进行饮食...

DNA 甲基化异质性定义了 Ewing 肉瘤 Sheffield N.C. 等人的疾病谱。儿童和年轻人的发育性肿瘤几乎没有遗传改变,但它们具有不同的临床表现。我们着眼于尤文肉瘤,试图确定遗传同质癌症中表观遗传异质性的普遍性和特征。我们进行了基因组规模的 DNA 甲基化……

MLL-AF9 和 MLL-AF4 肿瘤融合蛋白结合不同的增强子库并靶向 11q23 急性髓性白血病中的 RUNX1 程序。 Prange KH 等人在 11q23 白血病中,混合谱系白血病 (MLL) 基因的 N 端部分与 >60 种不同的伴侣基因融合。为了定义一组核心的 MLL 重排靶标,我们研究了 MLL-AF9 和 MLL-AF4 融合蛋白的全基因组结合以及急性髓细胞中相关的表观遗传特征...

拟南芥 SWI/ SNF 染色质重塑复合物结合调节基因表达的启动子和终止子 Archacki R. 等人。ATP 依赖性染色质重塑复合物是真核生物基因表达的重要调节因子。在植物中,SWI/SNF 型复合物已被证明对关键发育过程、生长和应激反应的转录控制至关重要。为了深入了解这些作用背后的机制,我们执行...

表观遗传应激反应通​​过 Hoxa9 发育信号诱导肌肉干细胞衰老 Schwörer S. 等人。干细胞的功能在衰老过程中下降,并且这种下降会导致与衰老相关的组织再生和功能受损。发育途径的改变与衰老过程中干细胞功能的下降有关,但这一过程的性质仍未得到很好的理解……

谷氨酰胺分解和富马酸盐积累在训练有素的免疫艺术中整合免疫代谢和表观遗传学程序 R.J. et al.Induction of trained immunity (在天然免疫记忆)是由免疫和代谢途径的激活介导的,这些途径导致细胞功能程序的表观遗传重新布线。通过转录组学和代谢组学数据的网络级整合,我们确定了糖酵解、谷氨酰胺分解和胆固醇结构……

卡介苗诱导的免疫代谢通路 Arts R.J.等。 结核病疫苗卡介苗 (BCG) 对无关感染的保护作用被认为是由长期代谢变化和染色质重塑介导的,通过先天免疫细胞(如单核细胞)中的组蛋白修饰,这一过程被称为训练免疫.在这里,我们表明 BC...

小鼠胚胎干细胞中逆转录转座元件的 TET 依赖性调节 de la Rica L. 等人。背景:10-11 易位 (TET) 酶将 DNA 甲基化氧化为活性去甲基化途径的一部分。尽管对 TET 在基因组调控中的作用进行了广泛研究,但知之甚少拥有它们对占小鼠和人类基因组近一半的转座因子 (TE) 的影响....

β-葡聚糖逆转 LPS 诱导的免疫耐受的表观遗传状态 Novakovic B. 等al. 先天免疫记忆是先天免疫细胞如单核细胞或巨噬细胞在暴露于微生物成分如脂多糖 (LPS) 后进行功能重编程的现象。我们应用综合表观基因组学方法来表征 LPS 诱导的分子事件......

EPOP 在多能干细胞中将 Elongin 和 Polycomb 功能联系起来 Beringer M. 等人。多能干细胞的细胞可塑性是被认为是由显示活性和抑制染色质特性的基因组区域维持的。这些区域表现出低水平的基因表达,但控制这些水平的机制仍然未知。在这里,我们将 Elongin BC 描述为一个结合事实...

造血转录因子 RUNX1 和 ERG 预防 t(8;21) AML 中的 AML1-ETO 致癌基因过度表达和细胞凋亡程序的启动 Mandoli A. 等人。t(8;21) 急性髓性白血病 (AML) 相关癌蛋白 AML1-ETO 破坏正常造血分化。在这里,我们研究了它对 t(8,21) 患者细胞中转录组和表观基因组的影响。在具有高水平组蛋白乙酰基的活性基因的启动子区域发现了 AML1-ETO 结合...

迭代片段化改进了非活性组蛋白标记的 ChIP-seq 峰的检测 Laczik M. 等人作为染色质免疫沉淀 (ChIP) 测序正在成为研究染色质修饰的主要技术,新的协议浮出水面以改进该方法。生物信息学对于分析和理解结果也是必不可少的,精确的分析有助于我们确定方案优化的影响...

富马酸盐是一种表观遗传修饰剂,可引发上皮-间质转化 Sciacovelli M 等人.t的突变三羧酸循环酶富马酸水合酶引起遗传性平滑肌瘤病和肾细胞癌1。富马酸水合酶缺陷型肾癌具有高度侵袭性,即使很小也会发生转移,导致临床结果非常差 2。富马酸盐,一种积累...的小分子代谢物。

reChIP-seq 揭示了 CD4(+) 记忆 T 细胞中 H3K4me3 和 H3K27me3 的广泛二价性 Kinkley S 等人。共定位染色质修饰的组合作用调节器决定染色质的结构和功能。然而,以高通量方式识别共定位染色质特征仍然是一项技术挑战。在这里,我们描述了一种新的 reChIP-seq 方法和量身定制的生物信息学分析...

表型可塑性通过黑腹果蝇中进化热点基因 tan 的转录调控 Gibert JM 等人。表型可塑性是给定的能力基因分型以产生不同的表型以响应不同的环境精神状况。表型可塑性可以是适应性的。此外,它被认为可以促进进化。尽管表型可塑性是一种普遍存在的现象,但其分子机制是...

MEF2C 在应激造血过程中保护骨髓 B 淋巴祖细胞 Wang W 等人。DNA 双链断裂 (DSB) 修复对于生成至关重要B 细胞受体,这是 B 细胞祖细胞存活的先决条件。然而,促进 B 细胞 DSB 修复的转录因子尚不清楚。在这里,我们表明 MEF2C 增强 DNA 修复和重组因子的表达......

Toxoplasma gondii TgIST 共同选择宿主染色质抑制因子抑制 STAT1 依赖性基因调控和 IFN-γ 介导的宿主防御 Gay G等人。 弓形虫感染的早期标志是通过强大的多方面先天免疫反应快速控制寄生虫种群,这种免疫反应涉及常驻和归巢免疫细胞以及促炎和抗炎保守性细胞因子。在此背景下,IFN-γ 激活多种靶向弓形虫的活性...

单核细胞向巨噬细胞分化的表观遗传动力学 Wallner S 等人。背景:单核细胞向巨噬细胞分化涉及主要的生化和结构变化。为了阐明基因调控变化在此过程中的作用,我们使用高通量测序分析了在...中分化的人单核细胞的完整转录组和表观基因组。

Dnmt3a 和 Dnmt3b Associate with Enhancers调节人表皮干细胞稳态 Rinaldi L 等人。内源性 Dnmt3a 和 Dnmt3b 在成体干细胞中的全基因组定位和功能尚不清楚。在这里,我们表明在人表皮干细胞中,这两种蛋白质以组蛋白 H3K36me3 依赖性方式与最活跃的增强子结合,并且需要产生它们相关的增强子 RNA。两种蛋白...

PAFAH1B1 和 lncRNA NONHSAT073641 均维持血管生成 ph人内皮细胞中的表型 Josipovic I at al.AIM:血小板活化因子乙酰水解酶 1B1(PAFAH1B1,也称为 Lis1)是一种主要参与神经发生的蛋白质,主要在神经系统中进行研究。当我们观察到 PAFAH1B1 在血管系统中的显着表达时,我们假设 PAFAH1B1 在血管生成或...

来自固定临床组织的染色质免疫沉淀揭示了肿瘤特异性增强子特征。 Cejas P 等人。在临床病理标本的常规组织固定过程中引入的广泛交联严重阻碍了染色质免疫沉淀,随后对存档的组织样本进行了下一代测序 (ChIP-seq) 分析。这限制了研究有价值的、临床注释的 t...的表观基因组的能力...

CHO 细胞响应进化压力和随时间变化的综合基因组和表观基因组特征 Feichtinger J、Hernández I、Fischer C、Hanscho M, Auer N, 哈克尔M, Jadhav V, Baumann M, Krempl PM, Schmidl C, Farlik M, Schuster M, Merkel A, Sommer A, Heath S, Rico D, Bock C, Thallinger GG, Borth N CHO 细胞最显着的特征是它们的适应性,这使得蛋白质的有效生产以及在各种培养条件下的生长成为可能,但也会导致基因组和表型不稳定。研究基因组和表观遗传修饰对...的相对贡献

GATA-1 在红白血病中通过 DNA 和组蛋白 H3K9 甲基化抑制 PU.1 基因 Burda P, Vargova J, Curik N, Salek C、Papadopoulos GL、Strouboulis J、Stopka TGATA-1 和 PU.1 是两个重要的造血转录因子,它们在祖细胞中相互抑制,分别引导进入红系或髓系。 PU.1通过与远端URE增强子结合来控制其在骨髓细胞生成过程中的表达,该增强子的缺失导致急性...

膜联蛋白基因及其作用的作用斑马鱼尾鳍再生过程中的调控 Saxena S, Purushothaman S, Meghah V, Bhatti B, Poruri A, Meena Lakshmi MG, Sarath Babu N, Murthy CL, Mandal KK, Kumar A, Idris MM哺乳动物的复杂性和局限性。表观遗传调控机制在发育和再生中起着至关重要的作用。本研究试图揭示组蛋白 H3 和 H4 赖氨酸活性等表观遗传调控机制的作用。

二酰甘油激酶 α 的表观遗传调控促进辐射诱导的纤维化 Weigel C. 等人。放射治疗是一种癌症治疗的基本组成部分,但它的使用受到正常组织中晚期副作用的发作的限制,尤其是辐射引起的纤维化。由于纤维化的分子原因在很大程度上是未知的,我们分析表观遗传调控是否可以解释个体间差异...

精子携带的 miRNA 和内切 siRNA 对受精很重要化和植入前胚胎发育。 Yuan S 等人。虽然人们认为哺乳动物精子在受精过程中将小的非编码 RNA (sncRNA) 携带到卵母细胞中,但这些精子携带的 sncRNA 在受精和植入前胚胎发育过程中是否真的具有任何功能仍然未知。种系特异性 Dicer 和 Drosha 条件性敲除(cK...

MLL 重排急性淋巴细胞白血病通过 H3K79 甲基化激活 BCL-2,并且对 BCL-2 特异性拮抗剂 ABT-199 Benito JM 等敏感al. 旨在利用侵袭性癌症中特定分子途径的靶向治疗是当前研究的一个令人兴奋的领域。混合谱系白血病 (MLL) 突变,如 t(4;11) 易位导致侵袭性白血病,而传统治疗难以治愈。t (4;11) 易位产生 M...

标准化染色质研究:ChIP-seq 的简单通用方法 Laura Arrigoni、Andreas S. Richter、Emily Betancourt、Kerstin Bruder、Sarah Diehl、Thomas Manke 和 Ulrike Bönisch 我们在这里证明,从正确分离的细胞核中获取染色质时,可以协调跨细胞类型和条件的 ChIP-seq 工作流程。我们建立了一种基于超声的细胞核提取方法(超声提取细胞核),该方法对各种生物体、细胞......非常有效

组蛋白修饰的动态变化先于卵母细胞中的从头 DNA 甲基化 Stewart KR 等人.删除和随后恢复种系中的 DNA 甲基化,尤其是在印迹 CpG 岛 (CGI) 中,对于哺乳动物的胚胎发生至关重要。 DNA 甲基化建立的潜在机制仍然知之甚少,但组蛋白的许多翻译后修饰与...

Brg1 在视网膜发生过程中协调多个过程,并且是视网膜母细胞瘤的肿瘤抑制因子 Aldiri I 等人.视网膜发育需要精确的时空坐标细胞周期退出、细胞命运规范、细胞迁移和分化。当这个过程被破坏时,就会形成视网膜母细胞瘤,一种视网膜的发育性肿瘤。表观遗传调节剂是精确协调发育的核心...

糖皮质激素受体和核因子 kappa-b 影响三维染色质组织 Kuznetsova T 等人。背景:信号依赖性转录因子的影响,例如糖皮质激素受体和核因子kappa-b,关于染色质的三维组织仍然是一个讨论的话题。可能的场景包括通过激活转录重塑高阶染色质结构...

脂肪祖细胞中高葡萄糖对炎症反应基因的表观遗传启动 Rønningen T, Shah A, Reiner AH, Collas P, Moskaug JØ细胞代谢赋予广泛的表观遗传修饰,这些修饰是调节决定细胞状态的转录网络所需的。我间充质基质细胞对代谢信号有反应,包括循环葡萄糖水平和调节炎症反应。我们在此表明​​,长期暴露...

同源蛋白 DLX3 和肿瘤抑制因子 p53 共同调节细胞周期进程和鳞状肿瘤生长 Palazzo E 等人。表皮稳态取决于角质形成细胞周期的协调控制.这种平衡的分化和改变可导致肿瘤发展。在这里,我们报告了一种新型的 DLX3 依赖性网络,该网络可抑制表皮增生和鳞状肿瘤发生。通过整合遗传和 t...

VEGF 介导的非小细胞肺癌细胞存活:VEGF 受体表观遗传靶向作为治疗方法的意义 Barr MP 等人。目的:评估组蛋白脱乙酰酶抑制剂 (HDACi) 在非小细胞肺癌中靶向 VEGF 受体的潜在治疗效用。材料和方法:筛选非小细胞肺癌细胞在 mRNA 和蛋白质水平上对 VEGF 受体进行了检测,而细胞对变异的反应...

染色质组装因子 CAF-1 抑制植物防御反应基因的启动 Mozgova I et al.Plants have evolved efficient defense针对通常依赖于特定转录反应的病原体的系统。启动是防御综合症的一部分,通过建立防御基因的过敏状态,例如在第一次遇到病原体之后。因为防御反应的激活具有适应性...

ERα 阳性乳腺癌细胞中雌激素反应性转录的时空控制。 P-Y Hsu、H-K Hsu、T-H Hsiao、Z Ye、E Wang、A L Profit、I Jatoi、Y Chen、NB Kirma、V X Jin、Z D Sharp 和 T H-M Huang 已经对转录机制的招募进行了深入研究,以针对异常基因表达的启动子,但在癌症发展中由远距离作用增强剂指导的潜在控制仍不清楚。我们之前的研究表明,遥远的雌激素基因反应元件 (DEREs) 位于染色体 20q13...

慢性淋巴细胞白血病中的非编码复发性突变。 Xose S. Puente、Silvia Beà、Rafael Valdés-Mas、Neus Villamor、Jesús Gutiérrez-Abril 等人。慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 是一种常见疾病,其中决定临床生物学行为的遗传改变尚未完全了解。在这里,我们描述了对 452 例 CLL 病例和 54 例单克隆 B 淋巴细胞增多症(一种前驱疾病)患者的基因组景观的综合评估。

ZFP57 的等位基因特异性结合在印记和非印迹单等位基因表达 Strogantsev R、Krueger F、Yamazawa K、Shi H、Gould P、Goldman-Roberts M、McEwen K、Sun B、Pedersen R、Ferguson-Smith AC 背景:植入前发育过程中基因组表观遗传印记的选择性维持是印迹基因的亲本起源特异性表达所必需的。 Kruppel 样锌指蛋白 ZFP57acts 作为在多重印记控制下维持 DNA 甲基化记忆的必要因素...

STAT3 活性的增强可将人类胚胎干细胞重编程为幼稚样多能性。 Chen H、Aksoy I、Gonnot F、Osteil P、Aubry M、Hamela C、Rognard C、Hochard A、Voisin S、Fontaine E、Mure M、Afanassieff M、Cleroux E、Guibert S、Chen J、Vallot C、Acloque H , Genthon C, Donnadieu C, De Vos J, Sanlaville D, Guérin JF, Weber M, Stanton LW, R白血病抑制因子 (LIF)/STAT3 信号是啮齿动物多能干细胞 (PSC) 幼稚多能性的标志,而成纤维细胞生长因子 (FGF)-2 和激活素/节点信号是维持人类 PSC 在被称为启动状态的条件下的自我更新所必需的。目前尚不清楚为什么LIF/...

CYP51A1及其天然反义转录本AluCYP51A1在37型腺病毒感染的视网膜色素上皮细胞中的相反表达。 Pickl JM、Kamel W、Ciftci S、Punga T、Akusjärvi GCytochrome P450家族成员 CYP51A1 是胆固醇生物合成中的关键酶,其失调与包括视网膜变性在内的多种疾病有关。在这里,我们描述了 HAdV-37 感染导致 CYP51A1 表达下调和其反义非编码 Alu 元件(Al...

A cohesin-OCT4 复合物介导 Sox 增强子启动早期胚胎谱系的过度表达. Abboud N, Moore-Morris T, Hiriart E, Yang H, Bezerra H, Gualazzi MG, Stefanovic S, Guénantin AC, Evans SM, Pucéat M 短尺度和长尺度的染色体内和染色体间相互作用与基因转录有关,但人们对这些结构背后的分子事件以及它们如何影响胚胎发育过程中的细胞命运决定知之甚少。最早的胚胎细胞命运决定之一(即中内胚层阻止...

表观基因组映射揭示了不同的模式致癌融合蛋白 EWS-FLI1 对基因调控和广泛增强子重编程的影响。Tomazou EM, Sheffield NC, Schmidl C, Schuster M, Schönegger A, Datlinger P, Kubicek S, Bock C, Kovar HT转录因子融合蛋白可以通过诱导转录组的整体变化来转化细胞,通常会造成癌基因成瘾状态。在这里,我们研究了表观遗传机制在此过程中的作用,重点关注依赖 EWS-FLI1 融合蛋白的尤文肉瘤细胞。我们建立...

胚胎干细胞分化需要全长 Chd1。 Piatti P、Lim CY、Nat R、Villunger A、Geley S、Shue YT、Soratroi C、Moser M、Lusser AATP 依赖性染色质重塑因子对染色质动力学的调节已被认为是调节自我平衡的重要机制-胚胎干细胞 (ESC) 的更新和多能性。在这里,我们研究了编码染色质重塑的基因部分缺失的影响...

vlincRNA 通过解除 H2AZ 介导的 INK4 位点抑制来参与衰老维持。拉佐特斯 S,Vallot C、Briois S、Aguirrebengoa M、Thuret JY、Laurent GS、Rougeulle C、Kapranov P、Mann C、Trouche D、Nicolas E 非编码 RNA (ncRNA) 在正确的染色质组织和功能中发挥重要作用。衰老是一种强烈的抗增殖过程和主要的抗癌屏障,与异染色质病灶中显着的染色质重组有关。在这里,我们分析了致癌基因过程中链特异性转录组的变化-...

肠隐窝-绒毛轴冷冻切片:一种研究从干细胞到分化细胞的表观遗传修饰动力学的离体方法 Vincent A, Kazmierczak C, Duchêne B, Jonckheere N, Leteurtre E, Van Seuningen I肠上皮细胞是一种特别有吸引力的生物成人模型,用于研究驱动成人干细胞更新和细胞分化的表观遗传机制。由于表观遗传修饰是动态的,我们开发了一种原始的离体方法来研究关键基因的表达和表观遗传图谱...

跨细胞谱系的等位基因表达映射以确定非编码 SNP 的影响。 Adoue V, Schiavi A, Light N, Almlöf JC, Lundmark P, Ge B, Kwan T, Caron M, Rönnblom L, Wang C, Chen SH, Goodall AH, Cambien F, Deloukas P, Ouwehand WH, Syvänen AC, Pastinen TMost复杂的疾病相关遗传变异位于非编码区,因此被认为在本质上具有调节作用。差异等位基因表达 (AE) 的关联作图是识别具有直接顺式调控影响 (cis-rSNP) 的 SNP 的有效方法。我们使用 AE 映射来识别顺式-...

肥胖会增加小鼠肝脏中 Tnfa 和 Ccl2 基因组蛋白 H3 赖氨酸 9 和 18 的乙酰化 Mikula M、Majewska A、Ledwon JK、Dzwonek A、Ostrowski JObesity contributes导致非酒精性脂肪性肝病 (NAFLD) 的发展,其特征是两种关键炎症介质的表达上调:肿瘤坏死因子 (Tnfa) 和单核细胞趋化蛋白 1(Mcp1;也称为作为 Ccl2)。然而,这些基因的染色质构成...

DZNep 在斑马鱼早期发育过程中对组蛋白甲基化谱的特定改变。 Ostrup O, Reiner AH, Aleström P, Collas PE 早期胚胎发育是研究表观遗传标记(包括组蛋白甲基化)获取的独特机会。本研究调查了 3-deazaneplanocin A (DZNep) 的体内功能和特异性,这是一种有前途的抗癌药物,靶向多梳复合基因。一到二细胞阶段胚胎...

通过高密度 ChIP 基因分型研究人类细胞中的等位基因染色质状态。 Light N、Adoue V、Ge B、Chen SH、Kwan T、Pastinen TAllele 染色质特异性 (AS) 评估有可能阐明特定的顺式调控机制,预计这些机制是大多数已知的复杂基因遗传关联的基础疾病。然而,自 var 位点以来,等位基因分辨率染色质景观的开发一直具有挑战性...

脑肿瘤干细胞类型和胎儿神经干细胞在组蛋白修饰和 DNA 甲基化的焦点区域、修饰的广泛区域和二价启动子中的差异。 Yoo S, Bieda MC 背景:异常的表观遗传标记被认为在建立癌细胞的异常特征中起着重要作用。针对表观遗传过程的药物的合理使用和开发需要了解癌细胞中表观遗传重编程的范围、程度和作用。使用 ChIP 芯片...

长链非编码 RNA TARID 通过 GADD45A 指导肿瘤抑制因子 TCF21 的去甲基化和激活。 Arab K、Park YJ、Lindroth AM、Schäfer A、Oakes C、Weichenhan D、Lukanova A、Lundin E、Risch A、Meister M、Dienemann H、Dyckhoff G、Herold-Mende C、Grummt I、Niehrs C、Plass CDNA 甲基化是一个动态的可逆过程,在发育和疾病期间控制基因表达。已经记录了几个活性 DNA 去甲基化的例子ed,涉及全基因组和基因特异性 DNA 去甲基化。去甲基化酶如何靶向特定的基因组位点仍然很大...

在复制胚胎干细胞的 DNA 过程中参与表观遗传传递的大型蛋白质网络的鉴定。 Aranda S, Rutishauser D, Ernfors PP 胚胎干细胞 (ESC) 的多能性由转录活动和染色质内高度组织的染色质修饰复合物维持。尽管很多努力都集中在识别基因组结合位点上,但对于它们与染色质跨细胞分裂的动态关联知之甚少......

通过综合全基因组表观遗传和生殖细胞癌细胞系的表达谱。 van der Zwan YG、Rijlaarsdam MA、Rossello FJ、Notini AJ、de Boer S、Watkins DN、Gillis AJ、Dorssers LC、White SJ、Looijenga LH 背景:起源于原始生殖细胞/生殖细胞并通过称为原位癌 (CIS) 的前驱病变,生殖细胞癌 (GCC) 是年轻男性中最常见的癌症,细分为精原细胞瘤 (SE) 和非精原细胞瘤 (NS)。在生理性生殖细胞形成/成熟过程中,表观遗传过程...

核 ARRB1 在前列腺癌中诱导假性缺氧和细胞代谢重编程 Zecchini V, Madhu B, Russell R, Pértega-Gomes N, Warren A, Gaude E , Borlido J, Stark R, Ireland-Zecchini H, Rao R, Scott H, Boren J, Massie C, Asim M, Brindle K, Griffiths J, Frezza C, Neal DE, Mills IGT 肿瘤细胞通过代谢重编程维持其高增殖率,由此细胞代谢从氧化磷酸化转变为有氧糖酵解,即使在正常氧气水平下也是如此。缺氧诱导因子 1A (HIF1A) 是该过程的主要调节因子,但它在含氧量正常的条件下被激活...

转录因子 Ikaros 对早期 B 细胞发育的阶段特异性控制。 Schwickert TA, Tagoh H, Gültekin S, Dakic A,Axelsson E、Minnich M、Ebert A、Werner B、Roth M、Cimmino L、Dickins RA、Zuber J、Jaritz M、Busslinger M 转录因子 Ikaros 是淋巴细胞生成的重要调节因子。在这里,我们通过条件性失活 pro-B 细胞中编码 Ikaros (Ikzf1) 的基因来研究其 B 细胞特异性功能。 B 细胞发育在异常的\"pro-B 细胞”阶段停滞,其特征是细胞粘附和丢失增加......

一种基于显微镜的新型高通量筛选方法,用于鉴定调节全局组蛋白修饰的蛋白质水平。 Baas R, Lelieveld D, van Teeffelen H, Lijnzaad P, Castelijns B, van Schaik FM, Vermeulen M, Egan DA, Timmers HT, de Graaf P组蛋白的翻译后修饰在真核生物基因表达和染色质结构的调控中起重要作用.染色质因子沉积(写入)和去除(擦除)组蛋白标记之间的平衡调节染色质修饰的稳态水平。这里我们描述e...

同时靶向 Jumonji C 和赖氨酸特异性去甲基化酶的泛组蛋白去甲基化酶抑制剂显示出高抗癌活性。 Rotili D、Tomassi S、Conte M、Benedetti R、Tortorici M、Ciosani G、Valente S、Marrocco B、Labella D、Novellino E、Mattevi A、Altucci L、Tumber A、Yapp C、King ON、Hopkinson RJ、Kawamura A , Schofield CJ, Mai A 在前列腺癌中,两种不同类型的组蛋白赖氨酸脱甲基酶 (KDM)、LSD1/KDM1 和 JMJD2/KDM4 与雄激素受体共表达并共定位。我们设计并合成了混合 LSD1/JmjC 或\"泛 KDM”抑制剂 1-6,将反苯环丙胺 7(一种已知的 LSD1 抑制剂)的骨架与 4-car...偶联。

活性染色质标记之间的相互作用拟南芥中 RNA 指导的 DNA 甲基化。 Greenberg MV、Deleris A、Hale CJ、Liu A、Feng S、Jacobsen SEDNA 甲基化是一种表观遗传标记,与转座因子和蛋白质编码基因的转录抑制有关。相反,特拉转录活性调节区与组蛋白 3 赖氨酸 4 二甲基化和三甲基化 (H3K4m2/m3) 密切相关。我们之前表明拟南芥...

CDK6 的激酶非依赖性功能将细胞周期与肿瘤血管生成联系起来。 Kollmann K, Heller G, Schneckenleithner C, Warsch W, Scheicher R, Ott RG, Schäfer M, Fajmann S, Schlederer M, Schiefer AI, Reichart U, Mayerhofer M, Hoeller C, Zöchbauer-Müller S, Kerjaschki D, Bock C, Kenner L, Hoefler G, Freissmuth M, Green AR, Moriggl 与其密切同系物 CDK4 相比,细胞周期激酶 CDK6 在淋巴恶性肿瘤中以高水平表达。在 p185(BCR-ABL+) B 型急性淋巴细胞白血病模型中,我们发现 CDK6 是转录复合物的一部分,该复合物诱导肿瘤抑制因子 p16(INK4a) 和促血管生成因子的表达...

疾病相关生长因子和胚胎信号通路调节 6q23.2 冠心病位点的 TCF21 表达增强子。米勒 CL,安德son DR, Kundu RK, Raiesdana A, Nürnberg ST, Diaz R, Cheng K, Leeper NJ, Chen CH, Chang IS, Schadt EE, Hsiung CA, Assimes TL, Quertermous T 冠心病 (CHD) 是死亡率的主要原因全世界的发达国家和发展中国家。全基因组关联研究 (GWAS) 现在已经确定了 46 个独立的冠心病易感位点,但是,这些关联的生物学和疾病相关机制仍然难以捉摸。 Th...

二价染色质在体内标记小鼠胚胎种系中的发育调节基因。 Sachs M、Onodera C、Blaschke K、Ebata KT、Song JS、Ramalho-Santos M发育调控基因在胚胎干细胞 (ESC) 中具有激活 (H3K4me3) 和抑制 (H3K27me3) 组蛋白修饰。这种二价配置被认为可以将血统承诺程序维持在平衡状态。然而,建立生理相关性因高度...

深度测序数据的综合分析而变得复杂识别雌激素受体早期反应基因并将 ATAD3B 与乳腺癌的不良生存联系起来。 Ovaska K, Matarese F, Grote K, Charapitsa I, Cervera A, Liu C, Reid G, Seifert M, Stunnenberg HG, Hautaniemi SIdentification 响应基因对细胞外信号的识别能够表征病理生理学上至关重要的生物过程。深度测序技术提供了一种强大的方法来识别响应基因,这就需要能够分析动态和多层次深度序列的计算方法。

大型 LINE-1 驱动的反义 RNA 的表达与癌症中转移抑制基因 TFPI-2 的表观遗传沉默有关。 Cruickshanks HA、Vafadar-Isfahani N、Dunican DS、Lee A、Sproul D、Lund JN、Meehan RR、Tufarelli CLINE-1 反转录转座子是病毒起源的丰富重复元素,在正常细胞中通过表观遗传机制保持静止。 LINE-1 的激活在癌症中经常发生,并且可以使 LINE-1 动员起来on 但也有逆转录独立的后果。我们之前报道过我...

发育表观基因组学工具箱:早期斑马鱼胚胎的 ChIP-seq 和 MethylCap-seq 分析。 Bogdanović O、Fernández-Miñán A、Tena JJ、de la Calle-Mustienes E、Gómez-Skarmeta JL DNA 甲基化和组蛋白修饰的全基因组分析回答了许多关于基因如何在全球范围内受到调控以及它们的表观遗传构成如何的问题是。然而,关于这些标记在早期脊椎动物胚胎发生过程中的功能知之甚少。在这里,我们提供 ChIP 的详细方案...

LXRα 激活的全基因组分析揭示了人类动脉粥样硬化泡沫细胞中的新转录网络。 Feldmann R、Fischer C、Kodelja V、Behrens S、Haas S、Vingron M、Timmermann B、Geikowski A、Sauer S 氧固醇的生理水平升高是发生动脉粥样硬化和心血管疾病的主要危险因素。载脂巨噬细胞,称为泡沫细胞,在动脉粥样硬化斑块的早期发展过程中非常重要。为了研究基于配体的核受体调节的假设...

通过组蛋白八聚体侧面 H3K122 的乙酰化调节转录。 Tropberger P、Pott S、Keller C、Kamieniarz-Gdula K、Caron M、Richter F、Li G、Mittler G、Liu ET、Bühler M、Margueron R、Schneider RHistone 修饰是染色质功能的关键调节剂。然而,很少有人知道组蛋白修饰能在多大程度上直接影响染色质。在这里,我们讨论了组蛋白球状结构域内的修饰如何调节染色质功能。我们证明 H3K122ac 足以...

在乳腺癌细胞系中,组蛋白赖氨酸三甲基化或乙酰化可通过植物雌激素、雌激素或抗 HDAC 调节。 Dagdemir A、Durif J、Ngollo M、Bignon YJ、Bernard-Gallon DAIM:据报道,异黄酮染料木黄酮、黄豆苷元和牛尿酚(黄豆苷元代谢物)与表观遗传修饰相互作用,特别是肿瘤抑制基因的高甲基化。本研究的目的是分析和了解植物雌激素作用于乳腺细胞染色质的机制。

小鼠胚胎中的染色质特征和逆转录转座子分析揭示了 RNA 对 LINE-1 的调节。 Fadloun A、Le Gras S、Jost B、Ziegler-Birling C、Takahashi H、Gorab E、Carninci P、Torres-Padilla ME 如何在发育过程中维持和逆转更具塑性的染色质状态尚不清楚。异染色质介导的重复元件沉默发生在分化细胞中。在这里,我们使用重复元件(包括反转录转座子)作为模型基因座来解决异染色质在发育过程中如何以及何时形成。

Ezh2 维持肌肉卫星细胞扩增的关键阶段,但不调节终末分化。 Woodhouse S, Pugazhendhi D, Brien P, Pell JM.组织生成和修复需要逐步限制细胞命运确保成体干细胞及时、适当地分化。 Polycomb 组 (PcG) 蛋白和 H3K27me3 抑制性组蛋白标记在协调转录程序方面发挥着至关重要的作用……

低细胞数 ChIP-seq 的局限性和可能性。 Gilfillan GD、Hughes T、Sheng Y、Hjorthaug HS、Straub T、Gervin K、Harris JR、Undlien DE、Lyle 摘要:背景:染色质免疫沉淀结合高通量 DNA 测序 (ChIP-seq) 可提供高分辨率、全基因组DNA-蛋白质相互作用分析。然而,目前的标准方法需要每次免疫沉淀 1--2000 万个细胞范围内的大量起始材料,并重新...

SUMO 通路中的蛋白质组修饰和协同作用,如 DNA 修复中所例证。 Psakhye I, Jentsch SProtein SUMO 修饰影响广泛的蛋白质底物。令人惊讶的是,虽然 SUMO 通路突变体表现出很强的表型,但 ind 的功能个人 SUMO 修饰通常是神秘的,SUMO 化缺陷突变体通常缺乏显着的表型。在这里,我们使用 DNA 双链断裂重组...

IL-23 在非小细胞肺癌中具有促进增殖、表观遗传调节和化疗的作用。 Baird AM、Leonard J、Naicker KM、Kilmartin L、O\'Byrne KJ、Gray SGB 背景:IL-23 是 IL-6 超家族的成员,在癌症中起着关键作用。目前对 IL-23 在非小细胞肺癌 (NSCLC) 中的作用知之甚少。方法:RT-PCR和染色质免疫沉淀(ChIP)被用于检测各种dr...的水平、表观遗传调控和影响

基因表达调控的新伙伴:trithorax和polycomb corto的增强子通过其染色质域与甲基化核糖体蛋白 l12 相互作用。 Coléno-Costes A、Jang SM、de Vanssay A、Rougeot J、Bouceba T、Randsholt NB、Gibert JM、Le Crom S、Mouchel-Vielh E、Bloyer S、Peronnet FChromodomains 在许多 r染色质结构的调节剂,其中大多数识别组蛋白上的甲基化赖氨酸。在这里,我们研究了黑腹果蝇蛋白 Corto 的染色域的作用。 Trithorax 和 Polycomb Corto 的增强子参与基因表达的沉默和激活。

广泛的启动子高甲基化和低甲基化与慢性淋巴细胞白血病中的异常 microRNA 表达有关。 Baer C、Claus R、Frenzel LP、Zucknick M、Park YJ、Gu L、Weichenhan D、Fischer M、Pallasch CP、Herpel E、Rehli M、Byrd JC、Wendtner CM、Plass CD 失调的 microRNA (miRNA) 表达有助于发病机制造血系统恶性肿瘤,包括慢性淋巴细胞白血病 (CLL)。然而,对导致异常 miRNA 转录控制的机制的了解还很缺乏。在这项研究中,我们全面研究了多能细胞分化的作用和作用。

组蛋白 H2B 单泛素化调节通路是分化多能干细胞。 Karpiuk O, Najafova Z, Kramer F, Hennion M, Galonska C, König A, Snaidero N, Vogel T, Shchebet A, Begus-Nahrmann Y, Kassem M, Simons M, Shcherbata H, Beissbarth T, Johnsen SA翻译后组蛋白的广泛变化在干细胞分化过程中,修饰伴随着转录程序的重新布线。然而,控制特定染色质修饰变化的机制及其在分化过程中的功能仍然知之甚少。我们证明...

内含子 RNA 介导表观遗传靶标的 EZH2 调节。 Guil S、Soler M、Portela A、Carrère J、Fonalleras E、Gómez A、Villanueva A、Esteller M 许多基因组位点的表观遗传失调是癌症的标志之一。已提出一些 RNA 分子在将抑制性多梳复合物 PRC2 引导至特定染色质区域中的作用。在这里,我们使用体内交联方法来检测和识别人体内直接的 PRC2-RNA 相互作用。

转录基态多能性的选择性和表观基因组学基础。 Marks H, Kalkan T, Menafra R, Denissov S, Jones K, Hofemeister H, Nichols J, Kranz A, Francis Stewart A, Smith A, Stunnenberg HG在血清中生长的小鼠胚胎干 (ES) 细胞在形态学和表达方面表现出更大的异质性与在含有两种激酶(Mek 和 GSK3)抑制剂的成分确定的培养基中培养的 ES 细胞相比,胚胎干细胞具有多能性因子,这种情况被称为\"2i”,假设建立了一个天真的基态。我们表明转录本...

通过 Nanog 的等位基因调控来控制基态多能性。 Miyanari Y, Torres-Padilla MEP 多能性是通过哺乳动物植入前发育过程中的全基因组重编程建立的,导致幼稚外胚层的形成。重编程涉及表观遗传标记的重置和多能细胞特异性基因的激活,例如 Nanog 和 Oct4(也称为 Pou5...)

通过 modif 对发育基因表达进行预模式化在合子基因组激活之前 ied 组蛋白。 Lindeman LC, Andersen IS, Reiner AH, Li N, Aanes H, Østrup O, Winata C, Mathavan S, Müller F, Aleström P, Collas PA anamniote 脊椎动物发育的标志是胚胎转录独立细胞分裂的窗口合子基因组激活 (ZGA)。 ZGA 的染色质决定子尚未探索;然而,精子中修饰的组蛋白对发育基因的标记表明组蛋白 m...的预测作用

IL-20 在 NSCLC 中受到表观遗传调控并下调 VEGF 的表达。 Baird AM、Gray SG、O\'Byrne KJ 背景:IL-20 是 IL-10 家族的多效性成员,在皮肤生物学和造血细胞发育中发挥作用。最近,已证明 IL-20 通过下调 COX-2 在非小细胞肺癌 (NSCLC) 中具有潜在的抗血管生成作用。方法:IL-20...

H3.5 的表达是一种新型的人类特异性组蛋白 H3 变体,具有特异性ly 在人类睾丸的曲细精管中表达。 Schenk R、Jenke A、Zilbauer M、Wirth S、Postberg J将组蛋白变体掺入染色质对于特定染色质状态的建立起着重要作用。迄今为止已知六种人类组蛋白 H3 变体,不包括 CenH3 变体:H3.1、H3.2、H3.3 和睾丸特异性 H3.1t 以及最近描述的变体 H3.X 和 H3.Y。我们 ...

非小细胞肺癌中葡萄糖转运蛋白的表观遗传调控 O\'Byrne KJ、Baird AM、Kilmartin L、Leonard J、Sacevich C、Gray SG。癌细胞经常诉诸于糖酵解,或葡萄糖的无氧分解形成 ATP 来满足它们的能量需求,这被称为 Warburg 效应。同时,非小细胞肺癌 (NSCLC) 中胰岛素受体的过度表达与...

全基因组 PLZF/RARA 靶基因的表征有关。 Spicuglia S、Vincent-Fabert C、BenoukrafT, Tibéri G, Saurin AJ, Zacarias-Cabeza J, Grimwade D, Mills K, Calmels B, Bertucci F, Sieweke M, Ferrier P, Duprez Et(11;17)(q23; 生成的 PLZF/RARA 融合蛋白; q21) 易位在急性早幼粒细胞白血病 (APL) 中被认为是一种致癌转录调节因子,将表观遗传因子募集到对其转化潜能很重要的基因中。然而,与 PLZF/RARA-de...相关的分子机制

使用高密度微阵列在斑马鱼中平铺组蛋白 H3 赖氨酸 4 和 27 甲基化。 Lindeman LC、Reiner AH、Mathavan S、Aleström P、Collas P 背景:通过染色质免疫沉淀和微阵列杂交(ChIP 芯片)揭示表观遗传状态,极大地促进了对基因组水平基因调控的理解。许多研究已在小鼠和人类身上进行;然而存在有限的高分辨率信息...

干细胞中印迹 Cdkn1c 基因的自主沉默 Wood MD, Hiura H,Tunster S、Arima T、Shin J-H、Higgins M、John1 RM 印记基因的起源亲本特异性表达依赖于特定基因组区域的差异 DNA 甲基化。差异甲基化区域 (DMR) 在配子发生期间(初级 DMR)或受精后当等位基因特异性表达建立时(次级 D...)获得 DNA 甲基化。

组蛋白变异 macroH2A 是关键发育的表观遗传调节因子Buschbeck M, Uribesalgo I, Wibowo I, Rué P, Martin D, Gutierrez A, Morey L, Guigó R, López-Schier H, Di Croce L组蛋白变体 macroH2A1 和 macroH2A2 与雌性哺乳动物的 X 染色体失活有关。 , macroH2A 蛋白在常染色体上的生理功能知之甚少。人类男性多能细胞中基于微阵列的分析揭示了在许多基因组中两种 macroH2A 变体的占据...

高分辨率分析表观遗传变化与X 失活。Marks H, Chow JC, Denissov S、Françoijs KJ、Brockdorff N、Heard E、Stunnenberg HG 雌性小鼠 ES 细胞的分化通过 X 染色体失活 (XCI) 触发一条 X 染色体的沉默。免疫荧光研究表明,在 Xist RNA 涂层后不久,无活性的 X (Xi) 会发生许多异色变化,包括获得 H3K27me3。然而,...

H3K64 三甲基化标记异染色质并在发育重编程过程中动态重塑的机制。 Daujat S、Weiss T、Mohn F、Lange UC、Ziegler-Birling C、Zeissler U、Lappe M、Schübeler D、Torres-Padilla ME、Schneider RHistone 修饰对所有 DNA 依赖性过程的调节至关重要。组蛋白 H3 (H3K64) 的 Lys64 位于球状结构域内的重要结构位置。我们将 H3K64 (H3K64me3) 的三甲基化鉴定为在中心异染色质处富集并与重新...相关的修饰。

表观遗传介导的 μ-Protocadherin 在 Co 中的下调lorectal Tumors Bujko M, Kober P, Statkiewicz M, Mikula M, Ligaj M, Zwierzchowski L, Ostrowski J, Siedlecki JA癌发生涉及改变的细胞相互作用和组织形态,部分原因是钙粘蛋白的异常表达。粘蛋白样原钙粘蛋白与细胞间粘附有关,并且发现其在结直肠癌 (CRC) 中的表达降低。本研究比较了 MUPCDH (CDHR5) 在...中的表达

对早期哺乳动物胚胎中活性染色质修饰的分析揭示了 H2A.Z 乙酰化和 H3K36 三甲基化与胚胎基因组激活的解偶联 Bošković A, Bender A, Gall L, Ziegler-Birling C, Beaujean N, Torres-Padilla MEE早期胚胎发育的特点是细胞潜能和染色质组织发生显着变化。组蛋白变体在胚胎发生过程中染色质重塑背景下的作用仍在研究中。特别是组蛋白变体 H2A.Z 及其修饰的核分布...

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在兔中针对含有三甲基化赖氨酸 4 的组蛋白 H3 区域 (H3K4me3) 产生的多克隆抗体,使用 KLH 偶联合成肽。

\',\'label1\' => \'验证数据\',\'info1\' => \'

图 1. 使用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体获得的 ChIP 结果ChIP 检测是使用人类 K562 细胞进行的,针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体(目录号 C15410003)和用于 qPCR 的优化 PCR 引物对。 ChIP 使用 iDeal ChIP-seq 试剂盒(目录号 C01010051)进行,使用来自 500,000 个细胞的剪切染色质。分析了每个 ChIP 实验由 0.5、1、2 和 5 µg 抗体组成的滴度。 IgG (1 µg/IP) 用作 IP 阴性对照。使用对活性基因 GAPDH 和 EIF4A2 的启动子特异的引物进行定量 PCR,用作阳性对照,对失活的 MYOD1 基因和 Sat2 卫星重复序列用作阴性对照给予控制。图 1 显示了回收率,表示为输入的百分比(免疫沉淀 DNA 与 qPCR 分析后输入 DNA 的相对量)。

A.B.C.D.

图 2. 使用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体获得的 ChIP-seq 结果ChIP 是在来自 100 万个 HeLaS3 的剪切染色质上进行的细胞使用 1 µg 的 Diagenode 抗 H3K4me3 抗体(目录号 C15410003),如上所述。随后在 Illumina 基因组分析仪上分析 IP 的 DNA。根据制造商的说明进行文库制备、簇生成和测序。使用 ELAND 算法将 36 bp 标签与人类基因组对齐。图 2 显示了沿着完整序列和 X 染色体的 600 kb 区域(图 2A 和 B)以及分别在 GAPDH 和 EIF4A2 阳性对照基因周围的两个区域(图 2C 和 D)的峰分布。这些结果清楚地显示了活性基因启动子上 H3K4 三甲基化的富集。

/div>A.B.

图 3. 使用针对 H3K4me3 的成岩节点抗体获得的切割和标记结果CUT&TAG (Kaya-Okur, H.S., Nat Commun 10, 1930 年,2019 年)使用 0.5 微克针对 H3K4me3 的成岩节点抗体(目录号 C15410003)和成岩节点 pA-Tn5 转座酶 (C01070001) 在 50,000 个 K562 细胞上进行。这些文库随后在 Illumin 上进行了分析根据制造商的说明,NextSeq 500 测序仪(2x75 双端读取)。使用 BWA 算法将标签与人类基因组 (hg19) 对齐。图3显示了14号染色体上的FOS基因和7号染色体上的ACTB基因周围2个基因组区域的峰值分布(分别为图3A和B)。

div class=\"row\">

图 4. 抗体滴度的测定为了确定抗体的滴度,使用连续稀释的 Diagen 进行了 ELISA针对 H3K4me3 的 ode 抗体(目录号 C15410003)。使用的抗原是含有感兴趣的组蛋白修饰的肽。通过绘制吸光度与抗体稀释度的关系图(图 4),抗体的效价估计为 1:11,000。

图 5. 使用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体的交叉反应性测试为了测试 Diagenode 抗体对 H3K4me3 的交叉反应性(cat . No. C15410003),用含有其他组蛋白修饰和未修饰的 H3K4 的肽进行斑点印迹分析。 100 到 0.2 pmol 的相应肽被点在膜上。抗体被用于 di1:2,000 的 lution。图 5A 显示抗体对目标修饰的高度特异性。

small>图 6. 使用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体进行蛋白质印迹分析对来自 HeLa 细胞的全细胞提取物(40 µg,泳道 1)和 1 µg 重组组蛋白 H3(泳道 2),使用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体(目录号 C15410003)。抗体在含有 5% 脱脂牛奶的 TBS-Tween 中按 1:1,000 稀释。右侧标明了目的蛋白的位置;标记(以 kDa 为单位)显示在左侧。

图 7. 使用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体的免疫荧光HeLa 细胞用针对 H3K4me3 的 Diagenode 抗体(货号 C15410003)和 DAPI 染色。细胞用 4% 甲醛固定 20 分钟,并用含有 5% 甲醛的 PBS/TX-100 封闭正常山羊血清。细胞用 H3K4me3 抗体(左)在封闭液中以 1:200 稀释后进行免疫荧光标记,然后用与 Alexa568 偶联的抗兔抗体或 DAPI(中)特异性标记 DNA。右图显示合并两种染色。

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